[发明专利]一种大鳍弹涂鱼DNA条形码标准检测序列及其应用

说明书

技术领域

本发明涉及物种鉴定技术领域，尤其涉及一种大鳍弹涂鱼DNA条形码标准检测序列及其在物种鉴定中的应用。

背景技术

大鳍弹涂鱼(学名：Periophthalmusmagnuspinnatus)为辐鳍鱼纲鲈形目鰕虎鱼科背眼鰕虎鱼亚科弹涂鱼属的鱼类。作为两栖鱼类的代表，弹涂鱼处于从水生到陆生四肢动物的重要过渡环节。弹涂鱼类栖息于潮间带，但不同种类的活动范围处于潮间带的不同区域，大鳍弹涂鱼在潮间带的高潮区活动和摄食，其个体较小。目前，对大鳍弹涂鱼的物种识别仅局限于形态学鉴定，而且专业鉴定人员很少。由于弹涂鱼对人类在海区和陆地的活动是否敏感，一直受到人口急剧膨胀和经济快速发展的威胁。随着弹涂鱼栖息地的不断减少和环境污染的日益加剧，弹涂鱼种质资源锐减，影响到以弹涂鱼为食的鸟类的生存。因此，有必要开展弹涂鱼种群资源的放流增殖，对大鳍弹涂鱼地方特有种进行有效鉴定以及物种保护已经刻不容缓。

DNA条形码技术(DNA barcoding)是指用基因组内一段标准的、短的DNA片段来鉴定物种的一项分子鉴定新技术，可以快速、准确的进行物种鉴定。目前在动物中最常见的分子标记是线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(cytochrome coxidase I,COI)基因的部分序列。DNA条形码具有广泛的应用前景，在物种鉴定、分子进化、种群遗传、濒危物种保护等研究领域具有一定的发展潜力。DNA条形码不同于以往的传统鉴别方法，对研究人员的专业技能并无较高要求，上至生物学家，下至普通生物爱好者，都可在短时间内掌握该技术。DNA条形码技术摆脱了传统形态鉴定方法依赖长期经验的障碍，可实现快速准确的鉴定，是分子鉴定方法学上的创新，操作简单、效率高、应用广等特点无疑将改变整个物种鉴定领域的发展方向。运用DNA条形码技术，可以很好的对大鳍弹涂鱼进行快速、有效的鉴定。

物种鉴定一直是分类学乃至几乎所有生物领域上的研究至关重要的基础步骤。因此，准确的对物种鉴定，特别是对那些稀有物种和具有保护意义的种类，分类鉴定工作就显得尤其重要。自从2003年，加拿大科学家Hebert提出以COI基因做为DNA条形码以来，越来越多的研究表明DNA条形码在物种分类上具有高效可行性。大量的研究结果显示以COI基因为标记的DNA条形码能够准确的对各类动物进行物种鉴定，可以选用COI基因作为各种动物条形码数据库的标准条形码。

该方法与传统的分类学方法互为佐证，不仅可以解决鉴定中标本残缺不全无法准确鉴定等问题，而且有利于快速鉴定。目前已有专门的鱼类数据库，其中包括1.5万多种鱼类的条形码数据。但是许多鱼类由于其特有性，没有足够的相关数据，也没有大鳍弹涂鱼的相关基因序列。

发明内容

本发明的目的在于提出一种大鳍弹涂鱼DNA条形码标准检测序列及其在物种鉴定中的应用。本发明所提供的大鳍弹涂鱼DNA条形码标准检测序列有利于实现大鳍弹涂鱼的分子鉴定，能有效缩短鉴定时间。

本发明的另一目的在于提供一种用于鉴定大鳍弹涂鱼的引物组及试剂盒。

本发明的又一目的在于提供一种一种大鳍弹涂鱼的分子鉴定方法。

为达此目的，本发明采用以下技术方案：

一种大鳍弹涂鱼DNA条形码标准检测序列，所述条形码标准检测序列为COI基因，其序列如SEQ ID NO:1所示。

含有上述大鳍弹涂鱼DNA条形码标准检测序列的重组载体、表达盒、转基因细胞系或重组菌。

一组用于鉴定大鳍弹涂鱼的引物组，它包括引物对一和引物对二，所述引物对一的正向引物和反向引物分别如SEQ ID NO:2和SEQ ID NO:3所示；所述引物对二的正向引物和反向引物分别如SEQ ID NO:4和SEQ ID NO:5所示，上述引物序列中，R处的碱基为A或G，Y处的碱基为C或T，R或Y的设立是用来扩增未知碱基的。

一种用于鉴定大鳍弹涂鱼的试剂盒，该试剂盒中含有上述的引物组。

上述的试剂盒，其在于，该试剂盒还可以包括PCR技术常用的试剂。

上述的大鳍弹涂鱼DNA条形码标准检测序列、上述的引物组或上述的试剂盒在鉴定大鳍弹涂鱼中的应用。

一种大鳍弹涂鱼的分子鉴定方法，包括以下步骤：

(1)从待鉴定组织样本中分离提取基因组DNA；

(2)以步骤(1)所得到的基因组DNA为模板，采用两对引物，通过聚合酶链式反应进行扩增；