[发明专利]制备Romidepsin

说明书

本申请是申请日为2007年12月28日，申请号为200780051908.3，发明名称为“制备Romidepsin”的发明专利申请的分案申请。

相关申请

按照35 U.S.C.§119(e)，本申请要求U.S.临时专利申请U.S.S.N.60/882,698和U.S.S.N.60/882,704的优先权，这两篇临时专利申请都是于2006年12月29日提交的，其分别引入本文以供参考。

发明背景

Romidepsin是一种天然产物，是由Fujisawa Pharmaceuticals从紫色色杆菌(Chromobacterium violaceum)中分离出来的。参见出版的日本专利申请Hei 7(1995)-64872；于1990年12月11日公布的U.S.专利4,977,138，其分别引入本文以供参考。其由4个氨基酸残基(D-缬氨酸、D-半胱氨酸、dehydrobutyrine和L-缬氨酸)和一种新的酸(3-羟基-7-巯基-4-庚烯酸)组成的二环肽。Romidepsin是含有酰胺和酯键的酯肽。除了使用发酵由紫色色杆菌(C.violaceum)生产以外，romidepsin还可以通过合成或半合成方法来制备。Kahn等人报道的romidepsin的全合成涉及14个步骤，并且以18％的总收率获得了romidepsin。J.Am.Chem.Soc.118：7237-7238，1996。romidepsin的结构如下所示：

Romidepsin已经显示具有抗微生物、免疫抑制或抗肿瘤活性。目前正对Romidpesin进行测试，例如用于治疗患有血液学恶性肿瘤(例如皮肤T-细胞淋巴瘤(CTCL)、周围T-细胞淋巴瘤(PTCL)、多发性骨髓瘤等)和实体瘤(例如前列腺癌、胰腺癌等)的患者。据信其通过选择性抑制脱乙酰酶(例如组蛋白脱乙酰酶、微管蛋白脱乙酰酶)而起作用，给开发一类新的抗癌治疗提供了新的靶目标。Nakajima等人，Experimental CellRes.241：126-133，1998。一种作用模式涉及抑制一类或多类脱乙酰酶(HDAC)。

组蛋白脱乙酰酶是一种在其活性位点具有锌的金属脱乙酰化酶。Finnin等人，Nature，401：188-193，1999。据信该酶通过调节乙酰化组蛋白对DNA的亲和力来调控一些基因的表达。组蛋白的乙酰化是通过乙酰化与脱乙酰化之间的平衡而控制的。组蛋白的乙酰化在组蛋白的赖氨酸残基上发生。赖氨酸残基的乙酰化引起蛋白失去某些其正电荷，由此降低与DNA的相互作用。已经发现，Romidepsin引起处理的细胞中组蛋白和其他调控蛋白的乙酰化增加。这影响了涉及细胞周期控制、分化和凋亡的各种基因的转录控制。最近，已经发现HDAC抑制剂可用于自噬的控制。

除了romidepsin以外，已经制备和研究了多种不同衍生物。下面的专利和专利申请描述了romidepsin的各种衍生物：U.S.专利6,548,479；WO 05/0209134；WO 05/058298；和WO 06/129105；每一专利都引入本文以供参考。

在考虑将romidepsin用作药物活性剂时，需要以成本有效方式制备大量高纯化材料。已经报道了从发酵肉汤中纯化romidepsin的不同方法。U.S.专利4,977,138；国际PCT申请WO 02/20817；每一专利都引入本文以供参考。例如，WO 02/20817描述了通过向培养基中加入特定氨基酸例如L-半胱氨酸来提高发酵方法中romidepsin的收率。虽然这样的发明已经提高了通过发酵来制备romidepsin的收率，但是仍然需要为了研究和医药用途而制备大量纯romidepsin的更好方法。

发明概述

本发明是基于以下认识：已经公开的分离romidepsin的方法不能可再现地获得纯romidepsin，特别是，不含污染物例如二聚、低聚或聚合romidepsin的romidepsin。基于该认识，本发明提供了用于在降低这些污染性副产物水平的条件下可再现地制备romidepsin的系统。已经发现，在低于大约6.5，更优选低于大约6.0的表观pH下生产、纯化和/或贮存romidepsin，防止了二聚、低聚或聚合romidepsin的形成。romidepsin纯化方法中的此改善提供了比常规方法更高的romidepsin收率和/或更高的romidepsin纯度。这一改善可特别用于制备在人类中使用的药物级的romidepsin。