[发明专利]一种用于检测FFPE样本基因融合的装置

说明书

本发明涉及一种用于检测FFPE样本基因融合的装置，其包括测序数据获取模块、比对模块、再比对模块、真实融合断点判断模块以及输出模块。本发明的用于检测FFPE样本基因融合的装置具有检测速度快、资源要求低、稳定性高的优点。

技术领域

本发明涉及基因融合检测领域，尤其涉及一种用于检测FFPE样本基因融合的装置及方法。

背景技术

福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-fixed and Paraffin-embedded，FFPE)方法制备的组织标本称为福尔马林固定石蜡包埋组织样本，简称FFPE样本。FFPE样本能够长时间保存，其常用于临床病理检验、肿瘤基因检测和医学科学研究，是一个可靠的分子生物学研究的材料来源。

在世界范围内，大约有数十亿份组织样品保存在医院或者组织样品库中。其中绝大多数是FFPE样本。FFPE样本通常代表了珍贵且来源广泛的生物医学研究材料，数量巨大的归档FFPE样本为回顾性研究、阐明疾病机制、发现治疗靶标和指示预后等方面提供了宝贵的资源。特别是，有大量的肿瘤组织切片被以FFPE样本的形式保存。

融合基因是一类在临床上非常重要的染色体结构变异，在癌症发生发展过程中起着关键的作用。精准的融合基因检测结果可以为临床抗癌靶点用药治疗和预后评估提供参考依据。

传统上用于检测融合基因的检测技术主要基于遗传学方法，如FISH。然而，相对较低的分辨率和通量限制了该种方法在复杂的上皮组织癌的检测中的应用。

随着二代测序技术的发展，涌现了大量用于检测融合基因的检测方法。基因融合检测方法中，断点的确认直接影响到检测结果的判定。CREST是当前检测Fusion gene的主流算法之一，该算法利用组装算法实现两次组装，从而排除假阳性，因此其主要优点是假阳性低，但同时由于需要进行两次组装，导致存在检测速度慢、资源要求高、需要进行组装等缺点；同时，组装效果还会受到覆盖度、插入片段长度的影响。FFPE样本因其存在高降解因素，导致片段长度较短，覆盖度降低，对组装片段的长度有较大影响，从而影响融合检测结果。因此，如何对FFPE样本的融合基因进行检测成为本技术领域亟待解决的问题。

发明内容

本发明所要解决的技术问题

现有技术算法由于需要进行两次组装和三次比对，导致存在检测速度慢、资源要求高等不足之处，同时由于FFPE样本的组装序列均较短且覆盖度较低，对于重复序列的组装存在一定的不确定性，可能会导致检测结果错误。

鉴于上述现有技术中存在的问题，本发明的目的在于提供一种用于检测基因融合的装置及方法，其具有检测速度快、资源要求低、稳定性高的优点。

与现有技术算法相比，本发明的检测装置充分利用了PE测序下机测序片段(reads)的信息，减少了比对次数，只需要两次比对，而且不需要组装，提高了检测的稳定性。

即，本发明包括：

一种用于检测FFPE样本基因融合的装置，其包括以下模块：

测序数据获取模块，用于获取FFPE样本的测序数据；优选地，所述测序数据是采用双端测序(Paired-end Sequencing，PE测序)方法获得的测序数据；

比对模块：其与所述测序数据获取模块相连接，用于将获取的测序数据与参考序列进行比对，获取比对结果。所述比对结果包括测序片段在基因中对应的位置信息。所述位置信息包括软剪切信息和成功比对信息。所述测序片段中带有软剪切信息的部分为所述测序片段的软剪切部，所述测序片段中带有成功比对信息的部分为所述测序片段的成功比对部。优选地，该模块可以利用bwa软件，查找测序片段在基因中对应的位置，并形成bam格式文件；优选地，该bam文件中，包括每条测序片段的描述信息(qname)，序列信息(seq)，比对位置(POS),位标识(flag),比对质量值(MAPQ),简要比对表达信息(Cigar)，模板长度(Tlen)；