[发明专利]鉴定番茄花叶病毒抗性基因的分子标记及其应用

说明书

本申请提供了鉴定番茄花叶病毒抗性基因的分子标记及其应用，包括用于鉴定番茄花叶病毒抗性基因的KASP引物和试剂盒，鉴定番茄是否含有番茄花叶病毒抗性基因的方法、以及区分抗番茄花叶病毒番茄和感番茄花叶病毒番茄的方法。本申请所提供的分子标记可对番茄植株在苗期大通量地进行快速、准确的抗病性鉴定，从而提高育种效率、节约育种成本、加快育种进程。

技术领域

本申请属于分子生物学领域，具体涉及番茄花叶病毒抗性基因的分子标记及其应用。

背景技术

番茄是一种在全世界栽培极为广泛的蔬菜，也是我国的主要栽培蔬菜之一。然而在番茄生产过程中，病毒病日益严重，导致产量和品质下降，因此选育抗病品种就显得十分重要。

番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus，ToMV)是番茄病毒病中发生最普遍的一种病原菌，是烟草花叶病毒属(Tobamovirus)的重要成员，属于正链RNA病毒的一种,主要通过田间操作(病毒沾染在手上或工具上)传播，或借助蚜虫吸取汁液传播,它既可以引起番茄叶片出现花叶或条斑,又可引起果实内部坏死,可致使番茄减产达65％。采用化学农药防治不仅效果差，而且易造成后期收获果实中农药残留超标，更严重的甚至污染生态环境，因此培育和推广抗番茄花叶病毒的番茄品种是最有效的方法。

当前已鉴定到三个抗番茄花叶病毒病抗病基因，分别是Tm-1、Tm-2和Tm-2²，其中Tm-1位于第2号染色体上，抗番茄花叶病毒生理小种0和2，Tm-2和Tm-2²位于地9号染色体上，二者是等位基因，Tm-2抗番茄花叶病毒生理小种0和1，Tm-2²抗番茄花叶病毒生理小种0、1和2，Tm-2²的抗谱最广。

目前在Tm-2²的标记开发方面，目前已有一些可用的标记，如Tetra-primer ARMSPCR(四引物扩增受阻突变体系Ye.et al，2001)标记和CAPS标记(Lanfermeijer et al,2005)，前者需要设计内外两对引物进行PCR扩增，对PCR扩增条件要求极高，需要不断尝试和摸索适合的实验体系，后者需要对PCR产物进行酶切，操作复杂实验成本高，且易出现人为错误，这两种标记在使用的过程中自动化程度差，不适用于高通量、大规模操作。

发明内容

一方面，本申请提供了用于鉴定番茄花叶病毒抗性基因的KASP引物，其包含：正向引物1：5’-CAATATGCTACAAGCCAAATTACTC-3’，和正向引物2：5’-CAATATGCTACAAGCCAAATTACTT-3’，其中所述正向引物1和正向引物2分别连接有不同的标签序列。

在一实施方案中，所述标签序列选自以下序列：标签序列A：GAAGGTGACCAAGTTCATGCT，和标签序列B：GAAGGTCGGAGTCAACGGATT。

在一实施方案中，本申请所提供的KASP引物，包含：正向引物1：5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCAATATGCTACAAGCCAAATTACTC-3’，和正向引物2：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCAATATGCTACAAGCCAAATTACTT-3’。

在另一实施方案中，本申请所提供的KASP引物，包含：正向引物1：5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATTCAATATGCTACAAGCCAAATTACTC-3’，和正向引物2：5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCTCAATATGCTACAAGCCAAATTACTT-3。