[发明专利]用于生物分子的基于质谱的表征的方法

权利要求书

1.一种用于识别液体样本内的蛋白质或多肽分析物化合物的存在或不存在的方法，所述液体样本包括化合物的混合物，所述混合物包含多种蛋白质化合物或多种多肽化合物或多种蛋白质和多肽化合物，所述方法包括：

(a)从用户或数据文件接收包括具有z_p加合质子的所述蛋白质或多肽分析物化合物的分子的离子的质荷比(m/z)_p和电荷态z_p的值；

(b)在质谱仪的离子源中通过电喷射电离形成所述液体样本的部分的化合物的所述混合物的带正电离子，所述带正电离子包括多个离子物质；

(c)隔离包括包含所接收的m/z值的m/z范围的所述离子物质的子集；

(d)通过在离子阱中致使离子物质的隔离的第一子集与反应剂化合物的阴离子反应而从离子物质的所述隔离的第一子集产生多个第一代产物离子物质，所述反应剂化合物的阴离子在反应后从包括蛋白质或多肽化合物的质子化分子物质的一或多个离子物质中的每一者提取质子，所述反应执行持续预定持续时间，在此期间，在与具有第二m/z的离子的运动频率匹配的频率下将补充振荡电压波形施加到离子阱的电极，所述第二m/z对应于具有(z_p–n)加合质子的所述分析物化合物的分子，其中1≤nz_p；

(e)隔离包括包含所述第二m/z的另一m/z范围的所述第一代产物离子物质的子集；

(f)通过致使所述第一代产物离子物质的所述隔离的子集与所述反应剂化合物的额外阴离子反应持续第二预定持续时间而从离子物质的所述隔离的第一子集产生多个第二代产物离子物质；

(g)通过使用经选择以维持所述第二代产物离子物质中的较低电荷态的至少一部分不分段且所述第二代产物离子物质中的较高电荷态解离的HCD碰撞能将所述多个第二代产物离子物质同时分段来产生多个片段离子物质；

(i)使用所述质谱仪的质量分析器产生所述片段离子物质的质谱；以及

(ii)基于所述质谱中一或多个预定片段m/z值的存在或不存在识别所述样本内的所述分析物化合物的存在。

2.一种用于识别液体样本内的蛋白质或多肽化合物的方法，所述液体样本包括化合物的混合物，所述混合物包含多种未识别的蛋白质化合物或多种未识别的多肽化合物或多种未识别的蛋白质和未识别的多肽化合物，所述方法包括：

(a)在质谱仪的离子源中通过电喷射电离形成所述液体样本的部分的化合物的所述混合物的带正电离子，所述带正电离子包括多个离子物质；

(b)使用所述质谱仪的质量分析器产生所述离子的质谱；

(c)基于所述质谱中的可观测的特征挑选多个质荷比(m/z)范围；以及

(d)针对所挑选的m/z范围中的每一者：

(i)确定对应于相应所挑选的m/z范围中的质荷比(m/z)_p处观察到的质谱线的电荷态z_p，以及将质量值m_p计算为m_p＝(m/z)_p×z_p以及分子量MW＝[z_p×(m/z)_p]-z_p×M_proton，其中M_proton为AU中的质子的质量；

(ii)隔离具有所述相应所挑选的m/z范围内的m/z值的所述离子物质的子集；

(iii)通过在离子阱中致使离子物质的相应隔离的第一子集与反应剂化合物的阴离子反应而从离子物质的所述相应隔离的第一子集产生多个第一代产物离子物质，所述反应剂化合物的阴离子在反应后从包括蛋白质或多肽化合物的质子化分子物质的一或多个离子物质中的每一者提取质子，所述反应执行持续预定持续时间，在此期间，在与具有产物离子质荷比(m/z)₂的离子的运动频率匹配的频率下将补充振荡电压波形施加到所述离子阱的电极，所述产物离子质荷比(m/z)₂由(m/z)₂＝(m_p–nM_proton)/(z_p–n)给定，其中n是整数使得1≤nz_p且M_proton为AU中的质子的质量；

(iv)隔离包括包含所述产物离子质荷比(m/z)₂的另一m/z范围的所述相应第一代产物离子物质的子集；

(v)通过致使所述第一代产物离子物质的所述隔离的子集与所述反应剂化合物的额外阴离子反应持续第二预定持续时间而从离子物质的所述相应隔离的第一子集产生多个第二代产物离子物质；

(vi)通过使用经选择以维持所述第二代产物离子物质中的较低电荷态的至少一部分不分段且所述第二代产物离子物质中的较高电荷态解离的HCD碰撞能将所述多个第二代产物离子物质同时分段来产生多个片段离子物质；

(vii)产生相应片段离子的质谱；以及

(viii)基于相应片段的所述质谱中观察到的相应分子量和质荷比值搜索蛋白质或多肽识别。