[发明专利]一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记和方法

说明书

本发明提供了一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记和方法。所述特异性PCR分子标记包括引物P5和引物P9，引物P5的上游引物的序列如SEQ ID NO：1所示，引物P5的下游引物的序列如SEQ ID NO：2所示，引物P9的上游引物的序列如SEQ ID NO：3所示，引物P9的下游引物的序列如SEQ ID NO：4所示。所述检测方法包括DNA提取、PCR扩增和结果分析三个步骤，使用所述检测方法，无需等待一整个生长季节即可对水稻GW5/qSW5基因型进行检测，进而从基因型得到该水稻幼苗的粒宽和粒重等重要信息，极大的缩短了育种周期，并且因为基因型不受环境影响，也大大提高了育种的效率。

技术领域

本发明属于水稻基因型检测技术领域，具体涉及一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记和方法。

背景技术

粒宽是影响水稻产量的主要因素之一。籽粒宽度与籽粒的长宽比、籽粒重量和稻米品质具有一定相关性，在实际育种应用上常被作为一个重要表型指标。在常规育种中，育种家们为了改良水稻籽粒宽度，主要是通过观察水稻成熟后籽粒的外观表型来进行多世代系选。由于水稻的生长周期较长，以及生长环境对粒型的影响，这种通过肉眼观察的方法太耗时间，且准确度有限。

现有粒宽常规表型检测技术的缺点是：

(1)费时。为了确定目标水稻材料粒宽，一般需要种植一个生长季节，待完全灌浆成熟后，从植株上取样(一般≥50粒)进行测量。测量工具主要是游标卡尺，测量要求是先对籽粒进行饱满程度筛选，然后逐粒考察，最后取平均值。

(2)环境影响大。水稻的粒型性状(包括粒宽、粒长等)受种植地点的环境影响(如光照时间、温度)较大，品种之间的粒型差异随种植地点的不同而发生变化。

由于存在以上缺点，急需出现一种快速筛选水稻籽粒宽度的工具和方法。

发明内容

为了解决现有技术存在的上述问题，本发明提供了一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记和方法。

GW5/qSW5是一个目前已知的控制水稻籽粒宽度的主要基因，在我国广泛分布的栽培稻中，该基因位点上主要有3种等位变异，分别为GW5^K、GW5^N和GW5^Z，其中GW5^N对应的籽粒宽度最高。

也就是说，直接对水稻的基因型进行检测，并根据检测结果直接筛选出具有理想籽粒宽度的基因型水稻材料进行育种，不但能够缩短育种周期，并且因为基因型不受栽培环境影响，也大大提高了育种效率。

为了对GW5/qSW5位点变异进行检测，发明人仔细研究并测序了一些当前主要的水稻育种亲本，并对它们的GW5/qSW5基因进行了测序和序列对比，发现与GW5^K型相比，GW5^Z型主要存在一处650bp的缺失，GW5^N型主要存在一处1211bp的缺失。根据这些差异，进而设计出了一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记和方法。

本发明所采用的技术方案为：一种检测水稻粒宽等位基因的特异性PCR分子标记，包括引物P5和引物P9，引物P5的上游引物的序列如SEQID NO：1所示，引物P5的下游引物的序列如SEQ ID NO：2所示，引物P9的上游引物的序列如SEQ ID NO：3所示，引物P9的下游引物的序列如SEQ ID NO：4所示。

其中，SEQ ID NO：1为5'-TTTTCAAGCTAGCGTTGGTC-3'；

SEQ ID NO：2为5'-CAGCCGGCAACTTGC-3'；

SEQ ID NO：3为5'-ACACCTGCAAGTTTAAATTCCC-3'；

SEQ ID NO：4为5'-TCGATCCCTACTCTTGTGCAT-3'。