[发明专利]一种检测FFPE样本DNA含量及完整性的方法有效
| 申请号： | 201710024016.X | 申请日： | 2017-01-12 |
| 公开（公告）号： | CN106755467B | 公开（公告）日： | 2020-10-16 |
| 发明（设计）人： | 李宗梅;夏赟;蒋智;师文霞 | 申请（专利权）人： | 天津诺禾医学检验所有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6851 | 分类号： | C12Q1/6851 |
| 代理公司： | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人： | 赵囡囡;金田蕴 |
| 地址： | 301700 天津市*** | 国省代码： | 天津;12 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 一种 检测 ffpe 样本 dna 含量 完整性 方法 | ||
1.一种检测FFPE样本DNA含量及完整性的方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1，根据FFPE样本的内参基因设计产物长度为Mbp和Nbp的两对引物，其中，MN；
S2，取不同降解程度的样本，使用qPCR方法进行定量，并使用人全基因组DNA标准品采用扩增Mbp产物的扩增引物进行标准曲线的绘制；
S3，每个所述样本分别采用上述两对引物进行扩增，根据Mbp产物的浓度确定DNA的有效浓度，根据Mbp产物与Nbp产物的CT差值判断DNA的降解程度；以及
S4，根据所述样本的检测结果及建库信息分析结果确定量化的判定标准；所述S2中取n个不同降解程度的样本，其中， n不少于200。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，M为50~100bp；N为150~300bp。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述内参基因为GAPDH基因。
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述M=74，N=195，n=200。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述Mbp产物的扩增引物为SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2；所述Nbp产物的扩增引物为SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4。
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述S4确定量化的判定标准为：
判定等级 CT差值 说明 B CT4.5 DNA完整性较好，可建库 C 4.5≤CT6.5 降解可接受，可建库 D CT≥6.5 不建议建库
。
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