[发明专利]肠道及口腔菌群多样性及差异性的分析方法

权利要求书

1.一种用于研究孤独症病因的基因组文库构建方法，其特征在于，该方法包括以下步骤：

（1）收集待测样本并进行微生物基因组DNA提取，得到基因组DNA提取液，所述待测样本的样本类型是粪便和口腔拭子，该样品由新鲜取样，冻存于-80℃；

（2）对基因组DNA提取液进行检测确定样本中微生物基因组DNA的浓度和纯度；

（3）利用16SrDNA特异的V3-V4区引物对基因组DNA提取液进行PCR扩增，进行文库构建；

（4）利用IlluminaMiSeq测序系统进行测序；

（5）利用FLASH，QIIME，usearch61进行生物信息学分析；

所述步骤(3)中的引物对是能够特异性扩增所有需要检验的微生物来源的引物对；所述引物对的

上游引物为：5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACTATGGTAATTGTCCTACGGGAGGCAGCAG-3’；

下游引物为：5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATNNNNNNNNNNNNAGTCAGTCAGCCGGACTACHVGGGTWTCTAAT-3’。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)中的样本微生物基因组DNA提取，采用改进的CTAB抽提法进行微生物基因组的抽提。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(2)中的样本微生物基因组DNA浓度和纯度，采用NanoDrop2000分光光度计检测，DNA样品浓度≥10ng/ul，DNA样品纯度OD260/280=1.8-2.0。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(4)中的Illumina MiSeq采用简单快捷的新型测序流程，制备文库的DNA起始量可低至50ng，时间不到2小时；MiSeq以Illumina的边合成边测序技术为基础，通过可逆终止试剂方法对数百万个片段同时进行大规模平行测序。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤(4)中的QIIME（QuantitativeInsightsIntoMicrobialEcology）是一个专门针对于微生物群落的分析管道，可以进行OTU，以及多样性分析，拥有处理16S rDNA所需要的软件并呈现相应的处理结果。