[发明专利]用于膀胱癌的尿监测的诊断测定

说明书

一种改进的诊断测定和与诊断测定有关的方法，该方法涉及突变聚焦的疾病诊断和监管生物标记小组，其中，基于它们涵盖患者群体的基因组多样性的能力选择潜在的基因组区域，最大化在每个患者内监测的独特标记的数目被最大化，同时平衡这些因素与经验测序性能、具有跨多样性患者的区域的事件的地理群集、以及与测量相应基因组区域相关联的大小和成本。方法还包括质量控制步骤以减少噪声并且最大化相关标记的存在。

技术领域

本文的公开内容涉及癌症的识别，并且更具体地涉及通过基因生物标记和改进的基因测序和分析方法来检测、预后、诊断和处理个体或个体组的膀胱癌。

背景技术

预计膀胱癌将成为北美第六最常见的实体癌，2014年美国估计有超过74,000例新病例(美国癌症协会，“Cancer Facts&Figures 2014.”2014)。诊断通常是在触发看医生的无痛性血尿症状(即尿中的血液)之后进行的。膀胱癌的常见风险因素包括吸烟、种族(高加索人发病率较高，亚洲人发病率较低)、职业性暴露和性别(膀胱癌是男性中第四位最常见的癌症，但女性中位居第十一位)。所有膀胱癌中大约三分之二将呈现为浅表性疾病，侵入性疾病存在于其余三分之一中。

尽管在浅表性膀胱癌的手术和医疗管理方面有所改进，但在初始处理后大约70％-80％的膀胱癌复发，并且10％-20％的早期疾病将进展至膀胱壁的侵入((H.W.Herr,J.R.Faulkner,H.B.Grossman,R.B.Natale,R.deVere White,M.F.Sarosdy,andE.D.Crawford,“Surgical Factors Influence Bladder Cancer Outcomes:ACooperative Group Report,”J.Clin.Oncol.,vol.22,no.14,pp.2781-2789,Jul.2004)；(“Bladder Cancer Treatment,”National CancerInstitute.www.cancer.gov/cancertopics/pdq/treatment/bladder/HealthProfessional/page1.[访问：2014年12月02日])；以及(American UrologicalAssociation,“Guideline for the Management of Nonmuscle Invasive BladderCancer:(Stages Ta,T1and Tis:Update(2007).”2007))。因此，具有通过经尿道切除术处理的浅表疾病的患者经历严格的筛查方案，至少5年中每3-6个月定期进行膀胱镜检查以评估疾病的复发情况，并且此后每年一次((American Urological Association,“Guidelinefor the Management of Nonmuscle Invasive Bladder Cancer:(Stages Ta,T1and Tis:Update(2007).”2007)；以及(National Comprehensive Cancer Network,“NCCN ClinicalPractice Guidelines in Oncology(NCCN Guidelines):Bladder Cancer,”Version2.2014))。通过膀胱镜检查的筛查对患者来说是高度侵入性的，需要通过尿道将显微镜插入膀胱中，并且因此与多达60％患者中的筛查不顺应性相关联(D.Schrag,L.J.Hsieh,F.Rabbani,P.B.Bach,H.Herr,and C.B.Begg,“Adherence to Surveillance AmongPatients With Superficial Bladder Cancer,”J.Natl.Cancer Inst.,vol.95,no.8,pp.588-597,Apr.2003)。此外，由于这些程序必须由泌尿科医师实行，并且随访频繁且是终生的，膀胱癌管理中所涉及的费用显著，结果是任何实体癌中每名患者的平均终生监管费用最高的癌症(M.F.Botteman,C.L.Pashos,A.Redaelli,B.Laskin,and R.Hauser,“Thehealth economics of bladder cancer:a comprehensive review of the publishedliterature,”PharmacoEconomics,vol.21,no.18,pp.1315-1330,2003)。缺乏用于检测膀胱癌复发的足够敏感和特异性的基于尿的测定是一种重大的未满足的医疗需求。