[发明专利]对疾病进行组织学诊断和治疗的方法

说明书

本公开内容提供了一种基于对癌症使用转录组表达数据的成对比较的诊断方法。在一个实施方式中，该方法包括下述步骤：获得具有第一癌症类型的第一癌症样品的第一基因表达谱；获得具有第二癌症类型的第二癌症样品的第二基因表达谱，其中所述第二癌症类型不同于所述第一癌症类型；对所述第一基因表达谱与所述第二基因表达谱进行比较；以及选择在所述第一基因表达谱和所述第二基因表达谱中表达差异最大的N个基因以产生成对差异表达基因(DEG)，其中N是10至100之间的整数。

相关申请的交叉引用

本申请要求2015年9月10提交的国际申请PCT/CN2015/089349和2016年4月21日提交的国际申请PCT/CN2016/079859的优先权，其全部内容均通过引用并入本申请。

发明领域

本发明大致涉及诊断和治疗疾病，如癌症。

背景技术

癌症是异质性的，具有多种多样的发病机制。癌症的准确诊断有助于了解疾病的发展和预后，从而指导精确治疗。目前的临床诊断主要基于解剖位置(器官)和组织病理学(癌组织和细胞的形态学)，这可能是不准确的。例如，如果形态学不足以识别来源，则可能对转移误诊。因此，需要改进的诊断方法。转录组测序(RNA-seq或微阵列)将基因表达成谱，其可以用于描述癌症的分子病理学并诊断疾病。癌症基因组图谱(TCGA)项目为各种组织病理学类型的人类癌症产生了丰富的基因组数据，并使得通过大数据分析探索癌症分子病理学成为可能。然而，将差异表达的基因与癌症病理学(如癌症的组织来源)相关联仍是一个挑战。因此，需要开发基于组织病理学与分子病理学之间系统性确认的相关性的用于诊断癌症的新方法。

发明简述

在一个方面，本公开内容提供了一种方法，所述方法包含下述步骤：

获得具有第一癌症类型的第一癌症样品的第一基因表达谱；

获得具有第二癌症类型的第二癌症样品的第二基因表达谱，其中所述第二癌症类型不同于第一癌症类型；

对所述第一基因表达谱与所述第二基因表达谱进行比较；以及

选择在所述第一基因表达谱和所述第二基因表达谱中表达差异最大的N个基因以产生成对差异表达基因(DEG)，其中N是10至100之间的整数。

在某些实施方式中，在本申请中使用的癌症样品不是癌症细胞系。

在某些实施方式中，在本申请中使用的癌症样品是来自癌症患者或患者来源移植瘤(PDX)的手术切除样品或组织活检样品。

在某些实施方式中，N在20至80之间。在某些实施方式中，N为约50。

在某些实施方式中，本申请所述的基因表达谱通过转录组RNA测序或微阵列获得。在某些实施方式中，本申请所述的基因表达谱由癌症基因组图谱(TCGA)数据集获得。

在某些实施方式中，通过使用t-检验、Mann-Whitney U检验或者比较2个或多个组之间的平均值和中位数的其他检验对各基因的表达差异排序，选择所述表达差异最大的N个基因。

在某些实施方式中，本申请所述的癌症类型是结肠腺癌(COAD)、直肠腺癌(READ)、肺腺癌(LUAD)、肺鳞状细胞癌(LUSC)、头颈部鳞状细胞癌(HNSC)、肝脏肝细胞癌(LIHC)或胰腺腺癌(PAAD)。

在某些实施方式中，上文所述的方法还包括根据成对DEG的表达诊断癌症。

在另一个方面，本公开内容提供了一种方法，所述方法包括：

获得具有第一癌症类型的第一癌症样品的第一基因表达谱；