[发明专利]对疾病进行组织学诊断和治疗的方法

权利要求书

1.一种筛选用于诊断癌症类型的标志基因的方法，所述标志基因包括第一成对差异表达基因、第二成对差异表达基因和第三成对差异表达基因，所述方法包括：

获得具有第一癌症类型的第一癌症样品的第一基因表达谱；

获得具有第二癌症类型的第二癌症样品的第二基因表达谱，其中所述第二癌症类型不同于所述第一癌症类型；

获得具有第三癌症类型的第三癌症样品的第三基因表达谱，其中所述第三癌症类型不同于所述第一癌症类型和所述第二癌症类型；

对所述第一基因表达谱与所述第二基因表达谱进行比较；

选择在所述第一基因表达谱和所述第二基因表达谱中表达差异最大的N₁个基因以产生所述第一成对差异表达基因，其中N₁是10至100之间的整数；

对所述第一基因表达谱与所述第三基因表达谱进行比较；

选择在所述第一基因表达谱和所述第三基因表达谱中表达差异最大的N₂个基因以产生所述第二成对差异表达基因，其中N₂是10至100之间的整数；

对所述第二基因表达谱与所述第三基因表达谱进行比较；

选择在所述第二基因表达谱和所述第三基因表达谱中表达差异最大的N₃个基因以产生所述第三成对差异表达基因，其中N₃是10至100之间的整数；以及

产生包含所述第一成对差异表达基因、所述第二成对差异表达基因和所述第三成对差异表达基因的标志基因，

其中所述第一癌症样品、所述第二癌症样品或所述第三癌症样品是来自癌症患者或患者来源移植瘤的手术切除样品或组织活检样品。

2.根据权利要求1所述的方法，其中N₁=N₂=N₃。

3.根据权利要求1所述的方法，其中N₁、N₂或N₃为50。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一基因表达谱或所述第二基因表达谱通过转录组测序或微阵列芯片获得。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一基因表达谱或所述第二基因表达谱由癌症基因组图谱数据集获得。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述表达差异最大的N₁、N₂和N₃个基因通过使用t-检验或Mann-Whitney U检验排序选择。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一、第二或第三癌症类型是结肠腺癌、直肠腺癌、肺腺癌、肺鳞状细胞癌、头颈部鳞状细胞癌、肝脏肝细胞癌或胰腺腺癌。

8.根据权利要求1所述的方法，其中所述标志基因具有m个基因，其中m是5至300之间的整数。