[发明专利]用于捕获融合基因的锁核酸

说明书

本文提供了用于富集样品的包含融合基因的断点的多核苷酸的方法，所述方法包括：a)将包括多种多核苷酸探针的探针集与多核苷酸的混合物在杂交条件下接触以产生探针捕获的多核苷酸，每种探针被配置为与融合基因特异性杂交，其中探针集包括一种或更多种高亲和力多核苷酸探针(例如，包括一个或更多个锁核酸核苷酸的多核苷酸)；和b)从混合物分离探针捕获的多核苷酸以产生富集包含融合基因的断点片段的多核苷酸的样品。

交叉引用

本申请要求2015年7月21日提交的美国临时专利申请第62/195,280号的优先权，其通过引用全文并入本文。

背景

基因融合事件是使得基因组中至少两个基因的以前分开的部分在一起的染色体重排。基因融合事件可产生癌症融合基因，其中两个或更多个基因的异常并置(juxtaposition)可以编码融合蛋白，或者一个基因的调节元件可驱动癌基因的异常表达。检测这种癌症融合基因可能是困难的。断点片段不太可能与不包含断点的片段在相同程度上与探针杂交。因此，富集断点片段的杂交方法可能缺乏效力。

融合基因是癌细胞中发现的一种体细胞突变形式。检测这种融合基因的能力可用于癌症的诊断和监测。

已知癌症中发现的融合基因包括，例如，以下：结肠癌中的APIP/SLC1A2、胰腺癌中的ATG7/RAF1、星形细胞瘤中的BCL6/RAF1、慢性骨髓性白血病中的BCR-ABL、中线癌(midline carcinomas)中的BRD4-NUT、血管肉瘤中的CEP85L/ROS1、乳腺癌中的CLTC/VMP1、肺癌中的ELM4-ALK、黑素瘤中的EWSR1/CREM、T细胞急性淋巴母细胞白血病中的FAM133B/CDK6、低级星形细胞瘤中的KIAA1549–BRAF(在7q34)、粘液表皮样癌中的MECT1-MAML2、滤泡性甲状腺癌中的PAX8-PPARG、乳头状甲状腺癌中的RET-NTRK1、乳腺癌中的SEC16A-NOTCH1、低级星形细胞瘤中的SRGAP3–RAF1(在3p25)、肾癌中的TFE3-TFEB。

断点可以发生在参与基因融合的基因的许多不同位置。这种断点可以在基因的某些部分聚簇。

检测基因融合的一种方法是通过FISH(荧光原位杂交)。另一种是通过脱氧核糖核酸(DNA)测序。

概述

在本文认识到对富集断点片段以检测和表征癌症融合基因的方法的需求。

本公开内容提供了检测融合基因的方法，其可用于检测疾病诸如癌症。本文提供了用于富集断点片段的方法，诸如以检测和表征融合基因，所述融合基因可以与疾病诸如癌症相关。

在一个方面，本公开内容提供了用于为具有或疑似具有癌症的受试者提供诊断或治疗干预的方法，所述方法包括(a)提供来自受试者的包含无细胞核酸分子的生物样品；(b)将来自所述生物样品的无细胞核酸分子与探针集在足以产生探针捕获的多核苷酸的杂交条件下接触，该探针集包含多种多核苷酸探针，其中所述多种多核苷酸探针的每种具有(i)与融合基因的序列互补性和(ii)比具有与所述融合基因互补的序列且仅包含未修饰的核苷酸的多核苷酸更大的对所述融合基因的亲和力；(c)从混合物分离所述探针捕获的多核苷酸以产生富集包含所述融合基因的断点片段的分离的多核苷酸的样品；(d)将所分离的多核苷酸测序以产生序列；(e)基于所述序列检测包含融合基因的断点的多核苷酸；和(f)基于断点片段的检测提供诊断或治疗干预。

在一些实施方案中，所述多种多核苷酸探针的每种包含一个或更多个锁核酸(LNA)核苷酸。在一些实施方案中，所述多种多核苷酸探针的每种包含多个LNA核苷酸，其中所述LNA核苷酸的至少两个间隔不多于30个核苷酸。在一些实施方案中，所述LNA核苷酸的至少两个间隔不多于15个核苷酸。