[发明专利]用于捕获融合基因的锁核酸

权利要求书

1.探针集在制备制剂中的用途，所述制剂基于来自受试者的包含无细胞核酸分子的生物样品中的断点片段的检测为具有或疑似具有癌症的受试者提供诊断或治疗干预，其中所述探针集包含靶向融合基因和非融合基因两者的多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针的子集包含一个或更多个锁核酸核苷酸，其中所述子集中的多核苷酸探针的每种具有(i)与融合基因的序列互补性和(ii)比具有与所述融合基因互补的序列并仅包含未修饰的核苷酸的多核苷酸更大的对所述融合基因的亲和力，其中在使用所述制剂时包括以下步骤：

(a)提供来自受试者的包含无细胞核酸分子的生物样品；

(b)将来自所述生物样品的所述无细胞核酸分子与所述探针集在足以产生探针捕获的多核苷酸的杂交条件下接触；

(c)从混合物分离所述探针捕获的多核苷酸以产生富集包含所述融合基因的断点片段的分离的多核苷酸的样品；

(d)将所述分离的多核苷酸测序以产生序列；

(e)基于所述序列检测包含融合基因的断点的多核苷酸；和

(f)基于断点片段的检测提供诊断或治疗干预。

2.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种包含多个锁核酸核苷酸，其中所述锁核酸核苷酸的至少两个间隔不多于30个核苷酸。

3.如权利要求2所述的用途，其中所述锁核酸核苷酸的所述至少两个间隔不多于15个核苷酸。

4.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的至少一个子集的每种多核苷酸探针的至少50％核苷酸是锁核酸核苷酸。

5.如权利要求4所述的用途，其中所述多核苷酸探针的至少一个子集的每种多核苷酸探针的至少75％核苷酸是锁核酸核苷酸。

6.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种具有比具有与所述融合基因互补的序列且仅包含未修饰的核苷酸的多核苷酸高至少1℃的解链温度。

7.如权利要求6所述的用途，其中所述解链温度高至少10℃。

8.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种具有比具有与所述融合基因互补的序列且仅包含未修饰的核苷酸的多核苷酸高至少2％的解链温度。

9.如权利要求8所述的用途，其中所述解链温度高至少10％。

10.如权利要求1所述的用途，其中所述融合基因为癌症融合基因。

11.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种与选自下表的融合基因对的基因

或选自下表的两种或更多种基因之间的融合基因具有序列互补性

12.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种与距所述融合基因的断点不多于500个核苷酸的断点区域具有序列互补性。

13.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种与跨越所述融合基因中的断点的序列具有序列互补性。

14.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种具有小于500个核苷酸的长度。

15.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种具有在20和200个核苷酸之间的长度。

16.如权利要求1所述的用途，其中所述多核苷酸探针的每种具有在80和160个核苷酸之间的长度。