[发明专利]用于核酸扩增的样品制备

说明书

本文呈现的是用于靶向扩增DNA和样品鉴定的方法和组合物。所述方法特别可用于样品的验证和质量控制以及在将序列数据输送至内科医师或至患者之前确认WGS序列数据与患者样品适当匹配。

发明背景

全基因组测序(WGS)是一种在个性化医疗中应用的方法，该个性化医疗用于鉴定特定患者的疾病风险，以及他们对某些疗法(例如药物疗法)的潜在响应性。在临床背景下，诸如复杂的样品制备工作流程或样品制备和/或测序外包等各种因素使样品混淆变得可能且使得难以检测。临床应用(例如诊断学、预后学和/或治疗学)中基于WGS的方法的一个基本条件是使用的序列信息明确地源自特定患者，即确保样品的身份是必不可少的，以允许准确地将临床细节分配至序列数据。需要在临床应用中使用的WGS数据中确认样品身份的方法。还需要在扩增前不需要纯化DNA的样品制备方法。本文阐述的本发明的实施方案满足这些需求并且也提供其他优点。

发明概述

本文提供的是用于靶向扩增DNA和样品鉴定的方法和组合物。例如，本文阐述的方法特别可用于样品的验证和质量控制以及确认在将序列数据输送至内科医师或至患者之前WGS序列数据与患者样品适当匹配。然而，应当理解，本文阐述的方法可以用于期望快速靶向扩增的其它合适的应用。

根据上文，在一个实施方案中，本文呈现的是从生物样品获得核酸序列信息的方法，其包括：(a)提供包含不同靶核酸的生物样品；(b)将所述生物样品与多个不同的探针组接触以与所述不同靶核酸形成杂交复合物；(c)自所述生物样品扩增所述核酸以产生扩增子；其中在接触步骤(b)之前，没有从所述生物样品纯化所述核酸；和(d)获得扩增样品的多个部分的核酸序列信息。

在某些方面，在步骤(c)中的所述扩增之前，没有从所述生物样品纯化所述核酸。在某些方面，步骤(c)中的所述扩增包括使用至少两种对样品基因组的一部分具有特异性的扩增引物的聚合酶链式反应。在某些方面，步骤(c)中的所述扩增包括延伸和连接两种探针以形成扩增模板。

在某些方面，当与延伸酶和核苷酸接触时，进一步将包含溶液相杂交复合物的上清液与固体支持物接触以形成固定化的杂交复合物。在某些方面，固体支持物包含珠。在某些方面，固体支持物包含过滤板。

在某些方面，所述不同靶核酸各自从3’至5’包含：连续的第一、第二和第三靶域，并且每个探针组包含：(i)第一探针，其从5’至3’包含：第一引发序列和基本上与第一靶域互补的序列；和(ii)第二探针，其从5’至3’包含：基本上与第三靶域互补的序列和第二引发序列。

在某些方面，所述方法包括，在步骤(c)之前，从所述生物样品收集包含溶液相杂交复合物的上清液的步骤。在某些方面，获得核酸序列信息包括大规模平行测序。在某些方面，获得核酸序列信息包括在核酸阵列表面上检测所述扩增子。

在某些方面，所述多个探针组包含至少10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,23,24,25,26,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36,37,38,39,40,41,42,43,44,45,46,47,48,49,50,51,52,53,54,55,60,70,80,90，或至少100个不同的探针组。在某些方面，所述多个探针组包含配置为与多态性区域选择性杂交的多个探针，所述多态性区域提供所述样品来源的身份的信息。在某些方面，所述多个探针组包含配置为与包含癌症相关多态性的区域选择性杂交的多个探针。在某些方面，样品是人类样品。在某些方面，样品包含肿瘤组织。在某些方面，样品包含正常组织。在某些方面，样品是血液样品。在某些方面，样品包含多孔固体表面上干燥的血液。在某些方面，多孔固体表面包含滤纸。