[发明专利]用于核酸扩增的样品制备

权利要求书

1.从未处理的FFPE样品获得核酸序列信息的方法，其包括：

(a) 提供包埋在保存的组织内的包含不同靶核酸的未处理的FFPE样品，其中所述不同靶核酸各自从3’至5’包含：连续的第一、第二和第三靶域；

(b) 将所述未处理的FFPE样品与多个不同的探针组接触以与所述不同靶核酸形成杂交复合物，其中每个探针组包含：(i) 第一探针，其从5’至3’包含：第一引发序列和基本上与第一靶域互补的序列；和(ii) 第二探针，其从5’至3’包含：基本上与第三靶域互补的序列和第二引发序列，其中所述多个探针组包含配置为与多态性区域选择性杂交的多个探针，所述多态性区域提供所述样品来源的身份的信息；

(c)将所述杂交复合物与延伸酶和核苷酸接触，其中所述第一探针沿着在(b)中形成的杂交复合物的所述第二靶域延伸；连接延伸的第一探针与所述第二探针，以形成扩增模板；并且用与所述第一引发序列和所述第二引发序列互补的第一和第二引物扩增所述扩增模板以产生扩增子；

其中在接触步骤(b)之前，没有从所述未处理的FFPE样品纯化所述核酸；和

(d) 获得多个所述扩增子的核酸序列信息，其中所述获得包括检测核酸阵列上的扩增子或者包括大规模平行测序；

其中所述方法不是疾病诊断方法。

2.权利要求1的方法，其中在步骤(c)中的所述扩增之前，没有从所述未处理的FFPE样品纯化所述核酸。

3.权利要求1的方法，其中当与延伸酶和核苷酸接触时，进一步将包含溶液相杂交复合物的上清液与固体支持物接触以形成固定化的杂交复合物。

4.权利要求3的方法，其中所述固体支持物包含珠。

5.权利要求3的方法，其中所述固体支持物包含过滤板。

6.权利要求1的方法，其包括在步骤(c)之前，从所述未处理的FFPE样品收集包含溶液相杂交复合物的上清液的步骤。

7.权利要求1的方法，其中所述多个探针组包含至少10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35,36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54,55, 60, 70, 80, 90，或至少100个不同的探针组。

8.权利要求1的方法，其中所述多个探针组包含配置为与包含癌症相关多态性的区域选择性杂交的多个探针。

9.权利要求1的方法，其中所述样品是人类样品。

10.权利要求1的方法，其中所述样品包含肿瘤组织。