[发明专利]粪便微生物群样品的制备方法

说明书

本发明涉及用于从供者受试者制备粪便微生物群样品的方法，该方法包括下列步骤：a)从供者受试者提取至少一个粪便微生物群样品；b)在取样后少于5分钟的时限内，将在a)中获得的所述样品放置在不透氧气的收集装置中；c)将在b)中获得的样品与至少一种包含至少一种冷冻保护剂和/或填充剂的盐水水溶液相混合；d)任选地，将在c)中获得的混合物进行过滤，尤其是通过包含具有小于或等于0.7mm，优选地小于或等于0.5mm的直径的孔的过滤器；和e)通过在‑15℃至‑100℃的温度下进行冷冻来储存在c)或d)中获得的混合物；其中步骤b)至e)在厌氧生活下进行。

本发明涉及用于制备粪便微生物群样品的方法。本发明还涉及所述样品在粪便微生物群移植中的用途，优选地为了治疗肠道生态失调，尤其是艰难梭菌(Clostridiumdifficile)感染。

人肠道微生物群是存在于人胃肠系统(胃、肠和结肠)中的微生物(细菌、酵母和真菌)的全体。目前，微生物多样性据估计为大约10³种构成了成年个体的占优势的肠道微生物群的细菌物种，其中具有10¹⁴个细菌的丰度，其代表了在每个个体中200 000至800 000个基因的细菌宏基因组(metagenome)，即人基因组的基因数目的10至50倍。

肠道(在子宫中是无菌的)从生命的头几天开始发生菌落移生至向独特的个体微生物群演变。每个人拥有就物种而言相对接近的细菌，但是其微生物群的确切组成(物种、比例)在很大程度上(超过2/3的物种)是宿主所特异的。

因此，人肠道微生物群是一个非常多样化的、复杂的且特异于每个个体的生态系统。

对于个体的健康来说，必要的是维持稳定的微生物群，其同时能够在变化后回到其初始状态和对于侵袭具有抗性。维持微生物群的大的多样性有助于其稳定性。但是，某些病理学状况或治疗使微生物群失衡：例如，抗生素以及具有炎症性组分的疾病(例如慢性炎症性肠病(CIBD))可以限制肠道中微生物群的多样性。

抗生素治疗(或抗生素疗法)尤其导致微生物群的改变，这可以有助于致病生物例如艰难梭菌的增殖。

艰难梭菌感染对于医院内腹泻负有责任；该细菌对于传统的抗生素疗法(广谱的，例如万古霉素或甲硝唑)具有抗性。为了重建肠道微生物群和对艰难梭菌类型的感染作斗争并因此重建内环境稳定(即共生)，考虑并测试了粪便微生物群移植。它在于将健康供者受试者的粪便引入到受者患者的消化道中，以便使宿主的经改变的肠道微生物群重新平衡。该粪便微生物群移植可以是同种异体的(即从健康供者个体至患者)或自体的(即从个体至其自身)。对于艰难梭菌类型的感染获得的结果是令人鼓舞的，并且某些患者已被成功地治疗(Tauxe等人,Lab Medicine,2015年冬,第46卷,第1期)。

但是，目前的移植方法是经验性的并且没有采取任何特别预防措施以最好地保存厌氧细菌(其是肠道微生物群的主要组分)的生存力。此外，粪便微生物群移植的功效是可变的，并且可能需要多于一种治疗处置。另外，同种异体移植需要测试供者的粪便，以确保没有任何致病菌将会被移植给受者，或者将会在手术期间对操作其的人员造成危险。

因此，对于拥有安全的、有效的且易于施行的(尤其是以工业规模)的粪便微生物群移植方法的存在需要。此外，对于其中细菌的生存力得到保存的粪便微生物群移植方法存在需要。

本发明使得能够满足这些需要。

因此，本发明涉及用于制备来自供者受试者的粪便微生物群样品的方法，该方法包括下列步骤：

a)提取至少一个来自供者受试者的粪便微生物群样品，

b)在取样后少于5分钟的时限内，将在a)中获得的所述样品放置在不透氧气的收集装置中，

c)将在b)中获得的样品与至少一种包含至少一种冷冻保护剂和/或填充剂的盐水水溶液相混合，