[发明专利]利用PCR-RFLP检测绵羊FTH-1基因单核苷酸多态性的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种利用PCR‑RFLP检测绵羊FTH‑1基因单核苷酸多态性的方法及其应用：以待测绵羊全基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增绵羊FTH‑1基因片段；用限制性内切酶XspI消化PCR扩增产物之后，再对酶切后的扩增片段进行琼脂糖凝胶电泳；根据电泳结果鉴定绵羊FTH‑1基因的碱基多态性。由于该碱基突变位点的多态性与绵羊繁殖性状产羔数密切关联，所以该多态性检测方法是一种在DNA水平上检测与绵羊繁殖性状密切相关分子遗传标记的方法，可以用于绵羊的辅助选择和分子育种，加快绵羊良种繁育速度。

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及以绵羊的功能基因的单核苷酸多态性(SNP)作为分子遗传标记，特别涉及绵羊FTH-1基因的单核苷酸多态性及其检测方法。

背景技术

在动物育种中，人们期望通过对生长、繁殖等性状密切相关，并且与数量性状紧密连锁的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

分子育种，即分子标记辅助选择育种(Molecular Mark-Assist Selection,MAS)，该技术是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良，它是利用现代分子生物学和传统遗传育种相结合的方法，进行新品种选育。

基因多态性是指不同物种或者同一物种内的不同个体间基因组序列的差异，这些差异是由于染色体中DNA等位基因中核苷酸改变引起，主要是包括碱基的替换、插入、缺失以及重复序列拷贝数的变化。

单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)是由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心的学者Lander(1996)提出的一类遗传标记系统，就是指基因组DNA序列中由于单个核苷酸(A/T/C/G)的替换而引起的多态性。SNP作为新的遗传标记已广泛应用于基因定位、克隆、遗传育种及多样性的研究。SNP是基因组中存在的一种数量非常丰富的变异形式，占人类基因组中遗传多态性的90％以上。SNP与罕见的变异不同，通常在种群中频率等于或小于1％的此种变异被称为突变，而只有频率大于1％时才被称为单核苷酸多态性。它的变异形式有：颠换、转换、插入和缺失等，主要由单个碱基的转换或者颠换所引起。具有转换型的碱基变异的SNPs约占2/3。

根据基因组中单核苷酸多态性产生的位置，可分为以下3类：基因编码区单核苷酸多态性(Coding-region SNPs,cSNPs)、基因周边单核苷酸多态性(Perigenic SNPs,pSNPs)以及基因间单核苷酸多态性(Intergenic SNPs,iSNPs)。

研究表明，位于编码区内的cSNP比较少。基因编码区内的cSNP又可分为2种：一种是编码区内的同义cSNP(Synonymous cSNP)，即SNP所致编码序列的改变并不会影响其所翻译的蛋白质中氨基酸序列的改变；另一种是编码区内的非同义cSNP(Non-SynonymouscSNP)，即碱基序列的改变将导致编码氨基酸的改变，从而导致蛋白质中氨基酸序列的改变，可能最终影响到蛋白质的功能。