[发明专利]用于鉴别霍山石斛的SNP标记及其分子检测方法

说明书

本发明公开了一种用于鉴别霍山石斛的SNP标记及其分子检测方法。本发明提供了石斛基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测石斛基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定霍山石斛中的应用；所述SNP位点在石斛基因组中对应于序列表中序列3所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为T或G。本发明通过RAD测序技术对包含霍山石斛复合体所有物种在内的27种石斛样品进行测序分析，寻找到了一个只存在于霍山石斛的功能性SNP分子标记，并建立了该SNP标记的检测方法，实现了对霍山石斛与其他石斛(包括霍山石斛与其他石斛的杂交种)的准确鉴定。

技术领域

本发明属于中药分子鉴定领域，涉及一种用于鉴别霍山石斛的SNP标记及其分子检测方法，特别涉及一种用于鉴别霍山石斛的SNP标记，及其基于PCR-RFLP鉴定霍山石斛的试剂盒与鉴定方法。

背景技术

药材霍山石斛来源于石斛属植物霍山石斛Dendrobium huoshanense C.Z.Tanget S.J.Cheng的新鲜或干燥茎。霍山石斛味甘、粘牙、嚼之无渣，是石斛类药材的最上品，价格昂贵，长期以来有市无货。目前国内外市场上冠以“霍山石斛”“霍斗”或“野生金霍斛”等名称的一些枫斗产品，往往均非正品霍山石斛加工而成，其伪品产量日益增大，市场极度混乱。目前市场上常用的假冒霍山石斛包括铁皮石斛D.officinale Kimura et Migo、细茎石斛D.moniliforme(L.)Sweet.、黄花石斛D.tosaense Makino重唇石斛D.hercoglossumReichb.、美花石斛D.loddigesii Rolfe、细叶石斛D.hancockii Rolfe、广东石斛D.wilsonii Rolfe、罗河石斛D.lohohense T.Tang et F.T.Wang、河南石斛D.henanenseJ.L.Lu et L.X.Gao等(刘石泉,李小军,余庆波等.霍山石斛及相似种的位点特异性PCR鉴别[J].中草药,2006,37(1):111-114)。

目前人们主要通过传统的性状鉴别方法来区分霍山石斛及其混伪品，但在经过炮制加工，尤其是加工成枫斗或干条后，霍山石斛的一些特征消失，与其他石斛的差别不显著，难以区分。此外，也有研究表明可采用ISSR-PCR扩增图谱或位点特异性PCR技术对这两个品系进行鉴别。然而，最新的分子系统学理论表明，霍山石斛属于细茎石斛复合体，包括梵净山石斛D.fanjingshanense、河南石斛D.henanense、霍山石斛D.huoshanense、细茎石斛D.moniliforme、琉球石斛D.okinawense及西畴石斛D.xichouense等6个物种(Xiang XGet al,Molecular Phylogenetics and Evolution,2013,69:950-960)，复合体内的物种不能通过性状无关的标记区分。另一方面，ISSR-PCR和位点特异性PCR技术只能检测待测样品是否含有霍山石斛基原，无法判断是否是霍山石斛与其他石斛的杂交品种。而霍山石斛与其他石斛的杂交品种不能作为霍山石斛药用。

市场流通的商品霍山石斛经由炮制加工、运输储藏后，形态有所改变，难以区分。因此，急需建立科学性强、使用方便的，同时具有共显性特点，能同时检测正品、伪品、或其杂交样品的霍山石斛鉴别方法。

发明内容

本发明的一个目的是提供石斛基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性或用于检测石斛基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性的物质在鉴定或辅助鉴定霍山石斛中的应用；

所述SNP位点在石斛基因组中对应于序列表中序列3所示核苷酸序列的第113位；所述SNP位点处的核苷酸为T或G。

在所述应用中，检测待测石斛的基因组中所述SNP位点处的核苷酸，若所述SNP位点处的核苷酸为T，则所述待测石斛为霍山石斛；若所述SNP位点处的核苷酸为G或者为T和G，则所述待测石斛不为霍山石斛(当所述SNP位点为T和G时，所述待测石斛为霍山石斛和其他石斛的杂交种)。