[发明专利]用于猪肉溯源的DNA条形码编制方法及溯源方法

说明书

技术领域

本发明属于生物工程技术领域，具体涉及一种用于猪肉溯源的DNA条形码编制方法和基于所述DNA条形码的猪肉溯源方法。

背景技术

肉品溯源是指向养猪场获取畜类来源，即在养殖、屠宰、加工和销售等环节都能追溯到肉类的来源个体信息。肉品的溯源检测在保护和提高肉类品牌过程中能起到重要作用，同样肉品的溯源也可以在食品危机时有效辨别和召回污染食品，近年来人们逐渐重视食品质量和食品安全，一些学者在牛、羊和猪等肉类品种溯源方面开展了相关研究。

分子溯源标记为溯源提供一种方便方法，由于每个动物个体所有DNA序列具有唯一性和稳定性，通过鉴别动物个体的DNA特征能够准确地识别动物个体。分子溯源标记常采用SNP标记，SNP(单核苷酸多态性，singlenucleotidepolymorphisms)主要是指基因组DNA中某一特定核苷酸位置上发生转换、颠换、插入或缺失等变化所引起的DNA序列的多态性。SNP标记包括以下特点：SNP位点在基因组中的分布广泛，具有丰富的遗传多样性，而且许多SNP和生物性状的变异相关联；SNP在基因组中为双等位基因，一个SNP位点可产生3种基因型。

在商品猪养殖领域，杜洛克猪分布于世界各国，是我国杂交组合中的主要父本品种之一，用以生产商品瘦肉猪；长白猪原产于丹麦，是世界著名的瘦肉型猪种，是杂交育种的主要品种；大白猪原产于英国，是世界上著名和分布较广的瘦肉型猪种。而由于杜洛克、大白和长白猪经过多年选育，导致有些SNP位点出现偏态现象，即SNP位点产生的三种基因型只能检测出一种和两种基因型，这种出现偏态的SNP位点不能用于猪肉的溯源。因此分子溯源标记应用在猪肉溯源上时，SNP位点的选择是决定分子溯源准确性的关键因素，也是分子溯源技术用于实际应用的难点。

我国猪肉溯源标记技术仍停留在传统的标签溯源技术上，溯源追溯链容易出现漏洞，猪个体被屠宰分割后溯源难以继续追踪下去，而分子溯源标记方法还需要补充完善，离实际应用还有较大差距，现有技术中也未见可用于猪肉溯源的基于SNP位点基因型的组合编制DNA条形码的技术。

发明内容

本发明针对现有技术中还没有可用于猪肉溯源的基于SNP位点基因型组合编制DNA条形码的技术这一问题，目的在于提供一种用于猪肉溯源的DNA条形码的编制方法和基于所述DNA条形码的猪肉溯源方法。

本发明的溯源原理可以概括为：首先预先测定猪种群的每个个体的一系列的SNP位点的基因型，以此编制DNA条形码作为个体的身份识别码并与其来源信息一一对应关联，生成DNA条形码-来源信息数据库。此后若遇到猪肉需要溯源时，只需提取猪肉组织的基因组DNA测定所述的一系列SNP位点的基因型并编制DNA条形码，通过与所述数据库中的DNA条形码比对识别即可获取个体来源信息。

为实现溯源的实用性，DNA条形码应具有含量丰富的多态性信息以保证每个个体的差异可识别性，而这由选用的每个SNP位点的多态性信息含量以及它们的相互独立性决定，因此SNP位点的选择及组合很关键。

本发明采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术，即RFLP-PCR(restrictionfragmentlengthpolymorphism-polymerasechainreactionamplification)技术，检测杜洛克、大白和长白猪群体的ADAMTS(含凝血酶敏感蛋白模体的去解联金属蛋白酶基因)、DAZL(类似无精子症基因)、FBXO32(泛素连接酶基因)、FUT1(α-(1,2)海藻糖转移酶1基因)、MC4R(黑皮质素受体-4基因)、MyoG(肌细胞生成素基因)、NR4A1(核受体4A1)和PSMB(20S蛋白酶体基因beta亚基基因10)的SNP位点的多态性，并对SNP位点的杂合度进行计算和分析，筛选出多态性信息含量丰富且相互独立的9个SNP位点，其中每个SNP位点都能检测到三种基因型，这为根据SNP位点呈现不同基因型编制DNA条形码提供了保障，通过测定上述9个SNP位点的基因型可以编制用于猪肉溯源的DNA条形码。

本发明的用于猪肉溯源的DNA条形码的编制方法包括步骤：

1)提取猪个体组织中的基因组DNA；

2)以基因组DNA为模板进行PCR扩增，分别使用对应的引物对基因ADAMTS、DAZL、FBXO32、FUT1、MC4R、MyoG、NR4A1分别扩增1个SNP位点、对基因PSMB扩增2个SNP位点，得到不同的扩增片段；