[发明专利]强直性脊柱炎标志物及应用

权利要求书

1.一种强直性脊柱炎标志物，其特征在于，所述标志物包括：

双歧杆菌株Bifidobacterium_pseudocatenulatum_DSM_20438、产气柯林斯菌株Collinsella_aerofaciens_ATCC_25986、双歧杆菌Bifidobacterium、梭菌Clostridiales和瘤胃球菌株Ruminococcus_5_1_39BFAA。

2.权利要求1的强直性脊柱炎标志物在制备诊断强直性脊柱炎的药物中的用途。

3.权利要求1的强直性脊柱炎标志物在制备确定个体患有强直性脊柱炎和不患有强直性脊柱炎的状态的装置中的用途，其特征在于，所述装置包括：

数据输入单元，用于输入数据；

数据输出单元，用于输出数据；

处理器，用于执行可执行程序，执行所述可执行程序包括完成如下方法：

(1)确定所述个体的粪便样本中的所述强直性脊柱炎标志物中的各种微生物的丰度；

(2)分别将(1)中确定的强直性脊柱炎标志物中的各种微生物的丰度与其在对照组中的丰度进行比较，依据获得的比较结果确定所述个体的状态，

所述对照组由一组或多组相同状态的个体的粪便样本组成，

以及

存储单元，所述存储单元与所述数据输入单元、所述数据输出单元和所述处理器相连，用于存储数据，其中包括所述可执行程序。

4.根据权利要求3所述的用途，其特征在于，所述(1)包括：

获得所述个体的粪便样本中的核酸序列的测序数据，所述测序数据包括多个读段；

组装所述读段，获得基因集，所述基因集包括多个组装片段，所述基因集中的组装片段为非冗余序列；

确定所述强直性脊柱炎标志物中的各种微生物包含的组装片段；

依据所述测序数据，分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度，其中包括，分别确定所述强直性脊柱炎标志物中的各种微生物包含的组装片段的丰度；

分别依据所述确定的组装片段的丰度，确定所述强直性脊柱炎标志物中的各种微生物的丰度。

5.根据权利要求4所述的用途，其特征在于，所述确定强直性脊柱炎标志物中的各种微生物包含的组装片段，包括：

将所述基因集中的组装片段分别与所述各种微生物的参考序列进行比对，确定与一种微生物的参考序列的相似性大于或者等于90％的组装片段来自该种微生物。

6.根据权利要求4所述的用途，其特征在于，所述依据测序数据，分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度，包括：

分别将所述测序数据中的读段比对到所述各个组装片段上，

基于获得的比对结果，利用以下公式确定组装片段的丰度：

组装片段G的丰度Ab(G)＝Ab(U_G)+Ab(M_G)，其中，

Ab(U_G)＝U_G/l_G，U_G为唯一比对上组装片段G的读段数目，l_G为组装片段G的长度，

M_G为非唯一比对上该组装片段G的读段的数目，

i表示非唯一比对上该组装片段G的读段的编号，

Co_i为非唯一比对上组装片段G的读段i对应的丰度系数，

N为非唯一比对上该组装片段G的读段比对上的组装片段的总数目，

j为非唯一比对上该组装片段G的读段比对上的组装片段的编号，

U_j为唯一比对上组装片段j的读段数目。

7.根据权利要求6所述的用途，其特征在于，微生物的丰度为该种微生物包含的所有组装片段的丰度的中位数或者平均数。