[发明专利]由母本生物样品进行胎儿基因组的分析

说明书

提供了确定胎儿基因组的至少一部分的系统、方法和装置。可以分析来自母本样品(母本和胎儿DNA)的DNA片段以鉴定某些基因座处的等位基因。综合分析这些基因座处各自等位基因的DNA片段的量，以确定这些基因座的单倍型的相对量，并确定从亲本基因组遗传了哪种单倍型。可以分析亲本为纯合和杂合的特定组合的基因座，以确定胎儿基因组的区域。可以使用群体中共有的参照单倍型，同时分析母体样品的DNA片段，以确定母本和父本基因组。还提供了突变、母本样品中部分胎儿DNA浓度以及母本样品测序覆盖度比例的确定。

相关申请的交叉引用

本申请要求2009年11月5日提交的题目为“Fetal Genomic Analysis(胎儿基因组分析)”的美国临时申请第61/258567号、2009年11月6日提交的题目为“Fetal GenomicAnalysis from a Maternal Biological Sample(由母本生物样品进行胎儿基因组的分析)”的美国临时申请第61/259075号和2010年9月10日提交的题目为“Fetal GenomicAnalysis from a Maternal Biological Sample(由母本生物样品进行胎儿基因组的分析)”的美国临时申请第61/381854号的权益，并且是这些临时申请的非临时申请，通过引用将这些临时申请的全部内容并入本文，用于所有目的。

本申请还涉及2008年7月23日提交的题目为“Diagnosing Fetal ChromosomalAneuploidy Using Massively Parallel Genomic Sequencing(利用大规模平行基因组测序诊断胎儿染色体的非整倍性)”的美国申请第12/178,181号(代理人案号016285-005220US)、题目为“Diagnosing Fetal Chromosomal Aneuploidy Using GenomicSequencing With Enrichment(利用基因组测序与富集诊断胎儿染色体的非整倍性)”的美国申请第12/614350号(代理人案号016285-005221US)和同时提交的题目为“Size-BasedGenomic Analysis(基于大小的基因组分析)”的美国申请(代理人案号016285-006610US)，通过引用将这些申请的全部内容并入本文，用于所有目的。

发明背景

本发明通常涉及基于母本样品分析胎儿基因组，更具体而言，涉及基于母本样品中基因片段的分析确定全部或部分胎儿基因组。

1997年，母本血浆中无细胞胎儿核酸的发现已为非侵入性产前诊断开启了新的可能性(Lo YMD et al Lancet 1997；350:485-487；和美国专利6,258,540)。这项技术被快速转化于临床应用，用于检测胎儿来源的、从父系遗传的基因或序列，例如用于胎儿性别确定、胎儿RhD状态确定和确定胎儿是否遗传了父系遗传性突变(Amicucci P et al ClinChem 2000；46:301-302；Saito H et al Lancet 2000；356:1 170；以及Chiu RWK et alLancet 2002；360:998-1000)。最近在该领域内的进展已经能够由母本血浆核酸分析进行胎儿染色体非整倍性如三体性21的产前诊断(Lo YMD et al Nat Med 2007；13:218-223；Tong YK et al Clin Chem 2006；52:2194-2202；美国专利申请2006/0252071；Lo YMD etal Proc Natl Acad Sci USA 2007；104:131 16-13121；Chiu RWK et al Proc Natl AcadSci USA 2008；105:20458-20463；Fan HC et al Proc Natl Acad Sci 2008；105:16266-16271；美国专利申请2007/0202525；以及美国专利申请2009/0029377)。