[发明专利]检测检疫性黄单胞菌的方法及其专用引物

权利要求书

1.成套引物，由引物对甲和引物对乙组成；所述引物对甲由引物XHpaAT-F和引物XHpaAT-R组成；所述引物对乙由引物XHpaAH-F和引物XHpaAH-R组成；

所述引物XHpaAT-F是序列表的序列1所示的单链DNA；

所述引物XHpaAT-R是序列表的序列2所示的单链DNA；

所述引物XHpaAH-F是序列表的序列3所示的单链DNA；

所述引物XHpaAH-R是序列表的序列4所示的单链DNA。

2.权利要求1所述成套引物的制备方法，包括将权利要求1所述成套引物中各条引物分别单独包装的步骤。

3.权利要求1所述成套引物的应用，为如下a)或b)或c)：

a)制备用于检测检疫性黄单胞菌的试剂盒；

b)制备用于鉴定检疫性黄单胞菌的试剂盒；

c)鉴定或辅助鉴定待测菌是否为候选的检疫性黄单胞菌。

4.如权利要求3所述的应用，其特征在于：所述检疫性黄单胞菌为胡椒叶斑病菌、柑橘溃疡病菌、木薯细菌性萎蔫病菌、甘蔗流胶病菌、芒果黑斑病菌、香蕉细菌性萎蔫病菌、木薯细菌性叶斑病菌、草莓角斑病菌、风信子黄腐病菌、水稻白叶枯病菌或水稻细菌性条斑病菌。

5.含有权利要求1所述成套引物的试剂盒。

6.权利要求5所述试剂盒在鉴定待测菌是否为候选的检疫性黄单胞菌中的应用。

7.如权利要求6所述的应用，其特征在于：所述检疫性黄单胞菌为胡椒叶斑病菌、柑橘溃疡病菌、木薯细菌性萎蔫病菌、甘蔗流胶病菌、芒果黑斑病菌、香蕉细菌性萎蔫病菌、木薯细菌性叶斑病菌、草莓角斑病菌、风信子黄腐病菌、水稻白叶枯病菌或水稻细菌性条斑病菌。

8.一种鉴定待测菌是否为候选的黄单胞菌的方法，包括如下步骤：提取待测菌的基因组DNA，采用权利要求1所述成套引物中的所述引物对甲或所述引物对乙进行PCR扩增，得到PCR扩增产物，然后进行如下判断；

(d1)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列9所示的DNA区段、待测菌为候选的胡椒叶斑病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列9所示的DNA区段、待测菌为候选的非胡椒叶斑病菌；

(d2)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列10所示的DNA区段、待测菌为候选的柑橘溃疡病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列10所示的DNA区段、待测菌为候选的非柑橘溃疡病菌；

(d3)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列12所示的DNA区段、待测菌为候选的木薯细菌性萎蔫病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列12所示的DNA区段、待测菌为候选的非木薯细菌性萎蔫病菌；

(d4)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列14所示的DNA区段、待测菌为候选的甘蔗流胶病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列14所示的DNA区段、待测菌为候选的非甘蔗流胶病菌；

(d5)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列17所示的DNA区段、待测菌为候选的芒果黑斑病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列17所示的DNA区段、待测菌为候选的非芒果黑斑病菌；

(d6)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列18所示的DNA区段、待测菌为候选的香蕉细菌性萎蔫病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列18所示的DNA区段、待测菌为候选的非香蕉细菌性萎蔫病菌；

(d7)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列19所示的DNA区段、待测菌为候选的木薯细菌性叶斑病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列19所示的DNA区段、待测菌为候选的非木薯细菌性叶斑病菌；

(d8)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列21所示的DNA区段、待测菌为候选的草莓角斑病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列21所示的DNA区段、待测菌为候选的非草莓角斑病菌，；

(d9)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列23所示的DNA区段、待测菌为候选的风信子黄腐病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列23所示的DNA区段、待测菌为候选的非风信子黄腐病菌；

(d10)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列24所示的DNA区段、待测菌为候选的水稻白叶枯病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列24所示的DNA区段、待测菌为候选的非水稻白叶枯病菌，；

(d11)如果PCR扩增产物中含有序列表中序列25所示的DNA区段、待测菌为候选的水稻细菌性条斑病菌，如果PCR扩增产物中不含有序列表中序列25所示的DNA区段、待测菌为候选的非水稻细菌性条斑病菌；

(d12)如果PCR扩增产物不满足上述(d1)、(d2)、(d3)、(d4)、(d5)、(d6)、(d7)、(d8)、(d9)、(d10)和(d11)中的任何一种情况，则待测菌为候选的非检疫性黄单胞菌；

所述检疫性黄单胞菌为胡椒叶斑病菌、柑橘溃疡病菌、木薯细菌性萎蔫病菌、甘蔗流胶病菌、芒果黑斑病菌、香蕉细菌性萎蔫病菌、木薯细菌性叶斑病菌、草莓角斑病菌、风信子黄腐病菌、水稻白叶枯病菌或水稻细菌性条斑病菌。

9.一种检测待测检疫性黄单胞菌属于检疫性黄单胞菌中的哪个种的方法，包括如下步骤：

f1)提取待测检疫性黄单胞菌的基因组DNA，以权利要求1所述成套引物中的所述引物对甲或所述引物对乙进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；提取标准菌株群中的各个标准菌株的基因组DNA，以权利要求1所述成套引物中的所述引物对甲或所述引物对乙进行PCR扩增，得到PCR扩增产物；

所述标准菌株群由胡椒叶斑病菌、柑橘溃疡病菌、木薯细菌性萎蔫病菌、甘蔗流胶病菌、芒果黑斑病菌、香蕉细菌性萎蔫病菌、木薯细菌性叶斑病菌、草莓角斑病菌、风信子黄腐病菌、水稻白叶枯病菌和水稻细菌性条斑病菌组成；

f2)将待测检疫性黄单胞菌得到的PCR扩增产物与每个标准菌株得到的PCR扩增产物进行聚类分析，聚类分析中待测检疫性黄单胞菌与哪个标准菌株为同一类，该待测检疫性黄单胞菌与该标准菌株即属于同一个种。