[发明专利]用于分子结构的输入集合的相互作用参数

权利要求书

1.一种用于确定评分向量w的方法，所述评分向量w是量化和/或限定受体-配体复合物的界面的几何结构的相互作用的数学向量，其中受体-配体复合物在相互作用中呈现界面，其中所述相互作用需要量化和/或限定，其中所述方法包括以下步骤，其中以下步骤中的至少一个步骤由计算机实现或辅助：

(a)从至少一个计算机数据库提供受体和配体的集合；

(b)向受体-配体复合物的界面的每个几何结构指派特定结构向量x，所述特定结构向量x是表示界面的特定几何结构的数学向量；

(c)计算作为所有特定结构向量x和评分向量w的函数的线性凸评分函数F；

(e)在正交多项式子空间中投影所述评分函数F；

(f)用公式表示凸优化问题；

(g)求解所述凸优化问题，由此确定评分向量w。

2.如权利要求1所述的方法，其中步骤(a)包括提供天然受体-配体复合物和非天然受体-配体复合物其中i索引在不同的蛋白质复合物上运行，并且其中j索引在为每个蛋白质复合物生成的假目标上运行。

3.如权利要求1所述的方法，其中在步骤(a)中，受体-配体复合物呈现包括不同原子类型的界面，其中原子类型k位于受体上，并且原子类型l位于配体相互作用上，k和l依赖于原子类型而变化，并且其中所述步骤(b)包括实现用于建模所述受体-配体复合物的界面的几何结构的方法，其中第一化学分子被定义为受体，第二化学分子被定义为配体，所述用于建模所述受体-配体复合物的界面的几何结构的方法包括：

(b1)从所述受体和配体的受体-配体复合物界面中选择原子；

(b2)向每个所选择的原子指派k和l之中的原子类型；

(b3)为受体-配体复合物提供受体的特定原子类型k的原子i与配体的特定原子类型l的原子j之间的距离r_ij，其中i索引在原子类型k中的特定原子上运行，其中j索引在原子类型l中的特定原子上运行；

(b4)可选地对于所有或其它原子类型k和l重复步骤(b2)；

(b5)将距离r_ij指派为原子类型的函数；以及

(b6)提供作为距离r_ij的函数的对受体-配体复合物的界面的几何结构的建模。

4.如权利要求3所述的方法，其中受体-配体复合物的界面的几何结构的所述建模考虑了距离r_ij的确定中的不准确性。

5.如权利要求3所述的方法，其中所述作为距离r_ij的函数的对受体-配体复合物的界面的几何结构的所述建模由数密度n^kl(r)定义，其中所述数密度n^kl(r)被定义为：

其中每个距离分布由具有恒定方差σ²、中心在r_ij处的高斯分布表示，并且其中距离r_ij小于所确定的截断距离r_max。

6.如权利要求1所述的方法，其中在步骤(e)中，正交多项式子空间是矩形、Legendre、Laguerre或傅里叶正交基。

7.如权利要求1所述的方法，其中步骤(f)包括使用应用到原始输入数据的、人为生成的噪声，其中所述噪声由具有方差σ的输入数据的高斯距离分布表示，其中σ是常数并且不依赖于原子类型，并且如果输入数据被表示为一维信号，那么能够将所述噪声视为应用于所述输入数据的高斯滤波器。

8.如权利要求1所述的方法，其中步骤(f)包括用公式表示凸优化问题，以便最小化凸函数。