[发明专利]用于多重捕获反应的通用阻断寡聚物系统和改进的杂交捕获的方法

说明书

在一些实施方式中，本文提供了用于核酸操作和分析的新型组合物和改进方法，其可用于多重核酸测序。在某些实施方式中，本文提出的新型组合物和方法更具成本效益，更有利于自动化，并且比传统方法更快。本文还提供了新型阻断核酸。

相关专利申请

本专利申请要求于2015年10月10日提交的题为“UNIVERSAL BLOCKING OLIGOSYSTEM FOR MULTIPLEXED CAPTURE REACTIONS”，发明人名为Eric Olivares，并标示为代理人案卷No.055911-0432232的美国临时专利申请No.62/062612，以及于2014年10月10日提交的题为“METHODS OF HYBRIDIZATION CAPTURE USING NUCLEIC ACID BAITS FROMPAIRED-END SEQUENCING”，发明人名为Eric Olivares，并标示为代理人案卷No.055911-0432231的美国临时专利申请No.62/062616的权益。前述专利申请的全部内容通过引用并入本文，包括所有文本、表格和附图。

技术领域

本技术部分涉及核酸操作、分析和高通量测序的组合物和方法。

背景技术

活生物体(例如动物、植物、微生物、病毒)的遗传信息编码在脱氧核糖核酸(DNA)或核糖核酸(RNA)中。遗传信息是代表核酸的一级结构的一连串核苷酸或修饰核苷酸。生物体的核酸内容(例如DNA)通常称为基因组。在人类中，完整的基因组通常含有位于二十四(24)条染色体上的约30,000个基因。大多数基因编码特定蛋白，其在通过转录和翻译表达后在活细胞内实现特定生物化学功能。

许多医学病症是由基因组内的一个或多个遗传变异引起。一些遗传变异可以使个体易患或产生大量疾病例如糖尿病、动脉硬化、肥胖症、各种自身免疫性疾病和癌症(例如结直肠癌、乳腺癌、卵巢癌、肺癌)中的任一种。这样的遗传疾病可以由基因组内的一个或多个核苷酸的添加、置换、插入或缺失引起。

遗传变异可以通过对通常从多个来源获得的核酸混合物的多重分析识别，例如通过使用下一代测序技术。这样的多重分析通常涉及在分析之前的大量核酸操作，涉及不利于高通量处理的许多不同步骤。此外，现有核酸操作方法通常昂贵、耗时，并且经常存在可以导致样品污染的重大缺陷。本文的组合物和方法提供了相对于现有核酸操作和分析技术的明显改进，其更有利于高通量自动化、更具成本效益、更少耗时和/或提供更少污染风险。

发明内容

在一些方面，本文提出了一种用于大规模并行核酸测序的组合物，其包含a)包含多个文库插入物的核酸的文库，其中所述文库的每个核酸包含(i)从四个或更多个样品之一获得的至少一个文库插入物，(ii)第一非天然核酸，和(iii)第二非天然核酸，其中所述第一非天然核酸和所述第二非天然核酸位于所述至少一个文库插入物的相对侧上，并且所述第一非天然核酸包含第一可区分核酸条形码，所述第二非天然核酸包含第二可区分核酸条形码，其中所述第一和第二可区分核酸条形码对于所述四个或更多个样品之一是独特的；和b)四个U阻断核酸，其中(i)第一和第二U阻断核酸配置为与所述第一可区分核酸条形码的相对侧上的所述第一非天然核酸杂交，和(ii)第三和第四U阻断核酸配置为与所述第二可区分核酸条形码的相对侧上的所述第二非天然核酸杂交，和(iii)所述U阻断核酸各自基本上不与所述第一或第二可区分核酸条形码的部分杂交。在某些方面，核酸的文库包含至少八个可区分核酸条形码。

在一些方面，组合物还包含一种或多种捕获核酸，其中(i)捕获核酸包含结合对的成员，和(ii)捕获核酸各自配置为与一个或多个文库插入物的亚组特异性杂交。