[发明专利]头颈部癌症的生物标志物及其使用方法

说明书

公开了一组诊断性编码微RNA的甲基化基因组基因座(mgmiR)标志物，其在检测头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中显示出了90％的敏感性和100％的特异性。这些结果表示首次采用定量MS‑PCR用于检测mgmiR。此外，该组证实了检测癌症患者旁黏膜中超甲基化的能力，表明其在早期检测上的效用。该组还能够通过采用唾液、血液和FNA组织样品检测癌症。

相关申请的交叉引用

本申请要求于2014年10月17日提交的申请号为62/065122的美国临时专利申请的优先权，其通过引用以其整体并入本申请，并且用于所有目的。

技术领域

本公开涉及检测和治疗癌症。更具体地说，其涉及生物标志物用于检测、治疗和监测头颈部癌症的用途。

背景技术

头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)表示大约90％的所有头颈部癌症以及5％的所有恶性肿瘤。参见Jemal等人(2009)和Worshem等人(2013年)。口腔和咽部癌症各自是2008年美国男性中第八最常见的癌症，并且美国2009年发现超过48000名HNSCC的新患者(Jemal等人)。已经发现HNSCC在过去30年以增长的速度流行起来。参见Worsham等人(2013年)。尽管医学和癌症治疗在进步，但是患有HNSCC的患者的存活率却相当停滞。参见Siegel等人(2013年)。这种低存活率与许多其它癌症的存活率的增加成鲜明对比。对于HNSCC不良预后的一个主要原因是超过半数的HNSCC患者在诊断时已经发展为局部或转移阶段。因此，早期检测可能是在将来改善存活率的关键。对于头颈部癌症的早期检测，还未报道有效的方法。

发明内容

本发明通过提供用于早期检测某些类型的癌症的方法使本领域前进。更具体地，公开了一组诊断性编码微RNA的甲基化基因组基因座(mgmiR)标志物，其在检测头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中显示出了90％的敏感性和100％的特异性。这些结果表示首次采用定量MS-PCR用于利用mgmiR标志物来检测甲基化水平。此外，该组微RNA已经证实检测癌症患者旁黏膜中超甲基化的能力，表明其在早期检测上的效用。该组还可以通过采用唾液、血液和细针抽吸(FNA)组织样品等等用于检测癌症。

在一个实施方式中，公开了用于检测受试者体内癌症的方法，其可以包括(a)测定选自由miR124-1、124-2、124-3、137和9-1所组成的组的编码至少一种微RNA的至少一个基因组基因座的甲基化水平，和(b)将从受试者获得的所述甲基化水平与来自已知无癌症的个体的编码相同微RNA的相应基因组基因座的甲基化水平(后者在本公开中还被称为“基础甲基化水平”或“基础水平”)进行比较。所公开的方法可以进一步包括提供诊断，其中受试者体内DNA片段与基础甲基化水平相比显著更高的甲基化水平指示癌症或癌前病变。

为了本公开的目的，术语“显著更高”可以是指至少20％、40％、50％、80％、100％、150％、200％或甚至更高。

在另一个实施方式中，用于检测癌症的方法可以包括：(a)从受试者的组织或体液制备DNA提取物，其中该DNA提取物含有至少一种第一DNA片段，所述至少一种第一DNA片段包含选自由miR124-1、124-2、124-3、137和9-1所组成的组的编码至少一种微RNA的至少一个基因组基因座，(b)使用第一DNA片段作为模板且使用特异于甲基化DNA的寡核苷酸作为引物，通过聚合酶链反应(PCR)产生第二DNA片段，(c)测定步骤(b)中产生的第二DNA片段的水平，和(d)将第二DNA片段的水平与基础水平进行比较，其中第二DNA片段与基础水平相比更高的水平指示癌症或癌前病变。在一个方面，基础水平是从已知无癌症的个体的相同组织或体液中以相同的方式产生的相应DNA片段的水平。

在另一个实施方式中，用于qMS-PCR的引物是选自由SEQ ID No.1-10组成的组的引物对。“F”表示正向引物，“R”表示反向引物。