[发明专利]BCR‑ABL抑制剂抗性相关突变的检测方法及使用该检测方法用于预测BCR‑ABL抑制剂抗性的数据获得方法

说明书

技术领域

本发明涉及一种慢性髓细胞性白血病等中的BCR-ABL抑制剂抗性相关突变的检测方法和使用该检测方法用于预测BCR-ABL抑制剂抗性的数据获得方法。

背景技术

慢性髓细胞性白血病(CML)在几乎所有的病例中可确认到称为Ph染色体(费城染色体)的基因突变。Ph染色体的9号染色体与22号染色体的各自长臂发生易位。由于该易位，22号染色体上的BCR(breakpoint cluster region，断裂点集簇区)与9号染色体的ABL基因区域重叠而产生BCR-ABL融合(嵌合)基因。该融合基因所编码的融合蛋白BCR-ABL使酪氨酸激酶活性持续性亢进，是导致慢性髓细胞性白血病发生的根本原因。

另一方面，以伊马替尼(Imatinib)为代表的BCR-ABL抑制剂目前作为融合蛋白BCR-ABL的分子靶向治疗药物，用作针对慢性髓细胞性白血病(CML)、Ph染色体阳性急性淋巴细胞白血病(Ph+ALL)、KIT(CD117)阳性胃肠道间质瘤(GIST)的治疗药物。但是，对于BCR-ABL抑制剂治疗，已知虽然在慢性髓细胞性白血病的进展期很多患者有良好应答，BCR-ABL融合基因的表达量减少，但如果治疗中在BCR-ABL融合基因中发生突变，则表现出治疗抗性。该突变的例子，作为表现出伊马替尼治疗抗性的突变，可举出253位酪氨酸(野生型)突变为苯丙氨酸或组氨酸(突变型)、255位谷氨酸(野生型)突变为赖氨酸或缬氨酸(突变型)、315位酪氨酸(野生型)突变为异亮氨酸(突变型)(非专利文献1)。

根据非专利文献1，显示出上述突变中除了315位酪氨酸(野生型)突变为异亮氨酸(突变型)之外的BCR-ABL激酶结构域(kinase domain)的突变对作为BCR-ABL抑制剂的尼洛替尼(Nilotinib)及达沙替尼(Dasatinib)表现出敏感性，如果能对与BCR-ABL抑制剂抗性相关的BCR-ABL激酶结构域有无突变进行一次性评价，则能够采取包括治疗策略的制定及治疗方法的变更在内的对策。因此，需要对与上述的BCR-ABL抑制剂抗性相关的突变进行简单准确地检测。

现有技术文献

非专利文献

非专利文献1：O'Hare T、Eide CA、Deininger MW.Bcr-Abl kinase domain mutations,drug resistance,and the road to a cure for chronic myeloid leukemia.Blood 2007；110:2242-2249.

发明内容

发明所要解决的问题

但是，由于从受试者采集的生物样品中表达BCR-ABL融合基因的细胞与没发生上述易位但表达ABL基因的(正常)细胞混合存在，因此在对与BCR-ABL抑制剂抗性相关的突变进行检测时，有时对生物样品中所含有的来源于(正常)细胞的9号染色体上的ABL激酶结构域所存在的该突变也进行检测，由于该ABL激酶结构域的上述突变并不直接有助于BCR-ABL抑制剂抗性，因此存在着对与BCR-ABL抑制剂抗性相关的突变不能准确地进行检测的问题。所以，本发明目的在于提供能够对慢性髓细胞性白血病等中与BCR-ABL抑制剂抗性相关的突变进行更高精度地检测的BCR-ABL抑制剂抗性相关突变的检测方法，以及使用该检测方法用于预测BCR-ABL抑制剂抗性的数据获得方法。

解决问题的技术方案

本发明人为了解决上述问题进行了专心研究，结果发现，通过对由易位而产生的BCR-ABL融合基因进行特异性扩增，并对扩增的核酸中所含有的与BCR-ABL抑制剂抗性相关的突变进行检测，能够特异性检测该突变，从而完成了本发明。

本发明包含以下内容。

(1)一种BCR-ABL抑制剂抗性相关突变的检测方法，其包括如下步骤：

使用从受试者采集的生物样品，对包括BCR-ABL融合基因中所含有的融合位点和与BCR-ABL抑制剂抗性相关的突变位点的区域进行扩增的步骤，

使用在上述步骤扩增的核酸，对所述与BCR-ABL抑制剂抗性相关的突变位点的基因型进行确定的步骤。

(2)如(1)所述的BCR-ABL抑制剂抗性相关突变的检测方法，其特征在于，在确定所述基因型的步骤中，对于所述突变位点使用对应于野生型的野生型探针和对应于突变型的突变型探针，计算所述扩增的核酸中所含有的野生型和/或突变型的丰度比。