[发明专利]通过数字化转座子的单倍体组测定

权利要求书

1.一种标记样品核酸的方法，该方法包括：

使来源于10个或更少相同细胞的样品核酸与转座酶接触以形成许多转座子-核酸区段组合，所述转座酶能够将转座子随机地并入所述样品核酸中并且是负载的，其中转座子与表现基因座的核酸区段相关联；以及

检测包含至少一个基因座的转座子-核酸区段组合的数目，

其中所述转座子包括一组两个或更多个转座子，其中：

每个转座子包含不同的第一转座子条形码序列；

所述接触形成条形编码的核酸分子，其中特定的转座子条形码与表现基因座的核酸区段相关联；

所述检测包括检测包含至少一个基因座的不同转座子-核酸区段组合的数目，并且

其中所述方法包括将至少10个不同的条形码并入所述样品核酸中。

2.根据权利要求1所述的方法，其中不同转座子-核酸区段组合包含在不同位点插入的相同的转座子序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其中不同转座子-核酸区段组合包含通过不同的转座酶插入的不同的转座子序列。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述转座子包括单链转座子。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品核酸包含来源于单个细胞的基因组DNA。

6.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包括平均每200个碱基对至10千个碱基对的基因组DNA并入一个转座子。

7.根据权利要求1所述的方法，其中所述样品核酸的一个子组对于允许转座的负载的转座酶是充分可及的，且所述样品核酸的另一个子组对于允许转座的负载的转座酶不是充分可及的。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述样品核酸包含染色质，并且所述对于允许转座的负载的转座酶充分可及的样品核酸的子组包括在所述染色质中处于开放构型的核酸。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述样品核酸包含具有关联的甲基-CpG结合域，即MBD蛋白的染色质，并且所述对于允许转座的负载的转座酶不是充分可及的样品核酸的子组包括在CpG岛中的核酸。

10.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法另外包括进行所述样品核酸的全基因组扩增。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述检测包括DNA测序。

12.根据权利要求11所述的方法，其中当所检测的转座子-核酸区段组合包含两个不同的组合并且其中在所检测的基因座处包含相同核酸序列的核酸区段与在不同插入位点处的一个或更多个转座子、一个或更多个不同的转座子序列和/或一个或更多个不同的条形码、其组合相关联时，允许将所述样品核酸鉴别为二倍体或单倍体并且对于所述基因座是纯合的或杂合的。

13.根据权利要求11所述的方法，其中当所检测的转座子-核酸区段组合包含两个不同的转座子-核酸区段组合并且其中在所检测的基因座处包含不同核酸序列的核酸区段各自与在相同插入位点处的相同转座子或条形码相关联时，允许将所述样品核酸鉴别为在扩增或测序期间已将错误引入所述样品核酸序列中的样品核酸。

14.根据权利要求11所述的方法，其中所述转座子包含条形码，并且所述检测转座子-核酸区段组合包括检测条形码-核酸区段组合。

15.根据权利要求11所述的方法，其中所述方法包括以平均小于10千碱基的分辨率确定全基因组拷贝数变异。

16.根据权利要求15所述的方法，其中所述方法包括以平均500个碱基的分辨率确定全基因组拷贝数变异。