[发明专利]一种预测细胞表型不稳定性的方法

说明书

一种预测细胞系表型稳定性的方法，包括步骤：在测定期培养细胞系，以及在测定期的多个不同时间点产生细胞系的环境响应指纹，其中每个环境响应指纹通过在多种化学细胞应激源存在时测定细胞的环境响应产生。比较多个环境响应指纹以检测测定期所述环境响应指纹的改变。在测定期所述环境响应指纹的改变程度指示所述细胞系中预测的表型不稳定性程度。该环境响应可以是生长响应、产量响应或者其它可检测的环境响应。

简介

本发明涉及一种预测细胞(通常是哺乳动物生产细胞)表型不稳定性的方法。

发明背景

从调控的角度来看稳定性的主要方面仅指产物，即该产物一致的特性(例如一致的糖型和更普遍的体内活性)。

但是，从生产的角度来看，稳定性的重要方面理所当然的是产物的质量，还有生产克隆细胞系的一致生长和产率。例如，根据Lonza^TM指南，倍增数超过40(大约10次传代)产物滴定度的变化超过30％则被认为是不稳定的细胞系。

该细胞系的改变可以归因于基因复制数目、mRNA复制数目的改变，以及整个细胞潜在的改变(即蛋白质组和代谢组的改变)。细胞基因组的改变表明一定程度的表型基因的不稳定或者“突变表型”(Loeb等，1999)。任何已经变成这种表型的克隆细胞系很有可能会出现表型中其它相关改变。

本发明的目的是至少解决一个上文提及的问题。

发明内容

本发明提供了一种预测细胞系表型稳定性的方法，包括以下步骤：

-在测定期培养所述细胞系；

-在测定期的多个不同时间点产生细胞系的环境响应指纹，其中每个环境响应指纹通过在多种化学细胞应激源存在时测定细胞的环境响应产生；以及

-比较多个环境响应指纹以检测测定期所述环境响应指纹的改变，其中在测定期所述环境响应指纹的改变程度指示所述细胞系中预测的表型不稳定性程度。

典型地，比较多个环境响应指纹以检测测定期环境响应指纹改变的步骤包括：检测所述或每种化学细胞应激源特异性环境响应的改变的步骤。

合适地，所述环境响应是生长响应。

优选地，所述多个不同时间点在测定期跨越一代或多代。

典型地，所述环境响应指纹在测定期内产生三个或更多个时间点。

合适地，所述环境响应指纹在测定期内产生四个或更多个时间点。

通常，每个环境响应指纹通过在至少三种不同的化学细胞应激源中的每种存在时测定细胞的环境响应而产生。

优选地，每个环境响应指纹通过在至少五种不同的化学细胞应激源中的每种存在时测定细胞的环境响应而产生。

合适地，该化学细胞应激源选自于氨基酸转运抑制剂、细胞周期抑制剂、碳源、渗透压应激源、氧化应激源、细胞凋亡诱导剂、代谢效应物、pH调节剂、糖酵解抑制剂和毒素。

通常，所述细胞系是哺乳动物的生产细胞系。

典型地，在测定期的环境响应指纹的改变是测定的数学模型方法，适当地是使用一个或多个具有已知的表型稳定性或不稳定性或二者的细胞环境响应指纹产生的数学模型。典型地，所述数学模型使用选自于欧几里得距离、马哈拉诺比斯距离、LDA距离、PCA距离的方法。

本发明也提供一种鉴定细胞的系统，该系统包括：

-包括多个反应室的装置；

-单独设置在所述反应室中的多种化学细胞应激源；

-在多种化学细胞应激源中的每种存在时测定细胞的环境响应的测定系统；