[发明专利]定点检测变异的方法和装置

说明书

本发明公开了一种定点检出变异的方法，包括：基于变异的已知信息，确定变异的指定位点和包含该变异的参考序列；获取待测样本的核酸的测序数据，测序数据包括多个读段；提取测序数据中包含指定位点的读段，获得指定读段；以指定读段上的指定位点为中心，往两端方向各延伸N个bp，获得指定片段，4≤N≤10；将指定片段与包含变异的参考序列进行比对，获得支持读段，支持读段为与包含变异的参考序列匹配的指定片段所在的读段；统计支持读段的量，基于支持读段的量判断所述变异是否存在。该方法基于关注读段中是否存在发生变异后应当具有的序列特征来进行变异定点检测，能够规避变异位点附近比对质量下降的问题，能够快速精确的检出变异。

技术领域

本发明涉及生物信息领域，具体的，本发明涉及定点检测变异的方法和装置，更具体的，本发明涉及一种定点检出变异的方法、一种定点检出变异的装置、一种检测融合基因突变的方法和一种检测融合基因突变的装置。

背景技术

癌症由遗传基因的改变导致，不同癌症、不同患者具有不同类型的基因变异，找到癌症患者的基因突变类型是个体化的治疗的基础，同时能够帮助我们更清晰的认识癌症的机理。

目前，临床上主要通过armsPCR方法来检测SNV、INDEL，通过FISH的方法来检测基因融合，这两种实验方法价格高，探针是针对特定突变设计的，难增加新的突变检测位点。

随着基因组学和生物信息学的不断发展，NGS高通量方法逐渐在这个领域内得到应用。利用高通量方法同时对患者的癌症组织和正常血细胞对照进行测序，首先在癌症组织中检测变异，然后去掉在对照中存在的germline变异(生殖细胞变异)，从而得到最终的somatic变异(体细胞变异)。在这种情况下，检测结果中会包含大量的临床意义未明的变异，这类变异对临床医生并没有有效的指导作用；检测过程中同时需要癌症组织和血细胞进行测序，增加了工作量；更重要的是INDEL附近的碱基的比对质量会下降，例如对EGFRc.2238_2248>GC这类肺癌中存在的复杂INDEL(complex INDEL)变异，缺失(deletion)后插入的GC碱基可能会比对到不同的位置，传统的变异检测方法对这种变异的检测很困难。

发明内容

依据本发明的一方面提供一种定点检出变异的方法，该方法包括：基于所述变异的已知信息，确定所述变异的指定位点和包含所述变异的参考序列；获取待测样本的核酸的测序数据，所述测序数据包括多个读段；提取所述测序数据中包含所述指定位点的读段，获得指定读段；以所述指定读段上的指定位点为中心，往两端方向各延伸N个bp，获得指定片段，4≤N≤10；将所述指定片段与所述包含所述变异的参考序列进行比对，获得支持读段，所述支持读段为与所述参考序列匹配的指定片段所在的读段；统计所述支持读段的量，基于所述支持读段的量判断所述变异是否存在。

依据本发明的另一方面提供一种计算机可读存储介质，用于存储供计算机执行的第一程序，本领域普通技术人员可以理解，在执行该第一程序时，通过指令相关硬件可完成上述定点检出变异的方法的全部或部分步骤。所称存储介质可以包括：只读存储器、随机存储器、磁盘或光盘等。

依据本发明的再一方面提供一种定点检出变异的装置，该装置包括：数据输入单元，用于输入数据；数据输出单元，用于输出数据；处理器，用于执行第一计算机可执行程序，所述第一计算机可执行程序的执行包括完成上述本发明一方面的定点检出变异的方法；存储单元，与所述数据输入单元、数据输出单元和处理器相连，用于存储数据，其中包括所述第一计算机可执行程序。

上述本发明一方面的方法、计算机可读存储介质和/或装置，基于关注读段中是否存在发生变异后应当具有的序列特征来进行定点变异检测，能够规避变异位点附近比对质量下降、变异位点周边比对存在干扰等问题，能够快速精确的检出变异。