[发明专利]定点检测变异的方法和装置

权利要求书

1.一种定点检出变异的方法，其特征在于，包括：

基于所述变异的已知信息，确定所述变异的指定位点和包含所述变异的参考序列；

获取待测样本的核酸的测序数据，所述测序数据包括多个读段；

提取所述测序数据中包含所述指定位点的读段，获得指定读段；

以所述指定读段上的指定位点为中心，往两端方向各延伸N个bp，获得指定片段，4≤N≤10；

将所述指定片段与所述包含所述变异的参考序列进行比对，获得支持读段，所述支持读段为与所述参考序列匹配的指定片段所在的读段；

统计所述支持读段的量，基于所述支持读段的量判断所述变异是否存在；

所述基于支持读段的量判断所述变异是否存在，包括：

将所述支持读段的量代入到以下模型，获得参考值LOD(m,f)，

所述模型基于以下两点假设而建立：

(1)对于任一位点，假设参考基因组对应的碱基为r∈{A,T,C,G}，

(2)对于任一位点，假设覆盖该位点的所有读段的对应碱基为b_i，碱基质量值为q_i，则对应的碱基错误率为d表示该位点对应的测序深度，其中

M₀表示所述位点的变异不存在，该位点与参考基因组碱基不同是由于系统误差导致的，

表示所述位点的变异真实存在，所述变异为r突变为m，f为等位基因突变频率，既不为r、也不为m的碱基是系统误差造成的，

L(M₀)表示所述位点的测序数据的分布情况符合M₀的概率，将所述支持读段的量代入式I以确定L(M₀)，

表示该所述位点的测序数据的分布情况符合的概率，将所述支持读段的量代入式III以确定

将所述参考值与阈值比较，当所述参考值大于所述阈值，判定所述待测样本存在所述变异。

2.权利要求1所述的方法，其特征在于，所述提取测序数据中包含所述指定位点的读段，获得指定读段，包括：

将所述测序数据与包含所述变异的参考序列进行比对，比对到所述参考序列上对应的指定位点位置的读段为所述指定读段。

3.权利要求2所述的方法，其特征在于，获得指定读段之后，对所述指定读段进行过滤，其中包括过滤掉指定位点位于读段的末端N bp内的指定读段。

4.权利要求1所述的方法，其特征在于，N＝5。

5.权利要求1-4任一所述的方法，其特征在于，所述变异选自SNP和INDEL中的至少一种。

6.一种定点检出变异的装置，其特征在于，包括：

数据输入单元，用于输入数据；

数据输出单元，用于输出数据；

处理器，用于执行第一计算机可执行程序，所述第一计算机可执行程序的执行包括完成权利要求1-5任一所述的方法；

存储单元，与所述数据输入单元、数据输出单元和处理器相连，用于存储数据，其中包括所述第一计算机可执行程序。

7.一种检测融合基因突变的方法，其特征在于，包括：

获取待测样本的测序结果，所述测序结果包括多个读段；

提取所述测序结果中的割裂读段，所述割裂读段为同一读段的两部分分别匹配到参考序列两个不同位置的读段；

分析匹配到所述参考序列上相同位置的割裂读段的数量，确定候选断点；

截取匹配到第一融合基因位置的割裂读段的不匹配所述第一融合基因位置的部分，以获得第一割裂片段，将所述第一割裂片段进行组装，获得第一一致性序列，定义所述参考序列上候选断点相应位置为第一融合基因位置；

将所述第一一致性序列与所述参考序列进行比对，定义所述第一一致性序列与所述参考序列匹配的位置为第二融合基因位置；

截取匹配到所述第二融合基因位置的割裂读段的不匹配所述第二融合基因位置的部分，获得第二割裂片段，将所述第二割裂片段进行组装，获得第二一致性序列；

将所述第二一致性序列与所述参考序列进行比对，若所述第二一致性序列与所述参考序列匹配的位置为所述第一融合基因位置，确定存在所述融合基因突变。