[发明专利]SNP位点基因型分型的方法有效
| 申请号： | 201510869105.5 | 申请日： | 2013-07-16 |
| 公开（公告）号： | CN105331728B | 公开（公告）日： | 2019-01-11 |
| 发明（设计）人： | 张德强;徐煲铧;杜庆章 | 申请（专利权）人： | 北京林业大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6858 | 分类号： | C12Q1/6858;C12Q1/6853 |
| 代理公司： | 北京康信知识产权代理有限责任公司 11240 | 代理人： | 赵囡囡;金田蕴 |
| 地址： | 100083 北京市海淀*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | snp 基因型 方法 | ||
1.一种SNP位点基因型分型的方法，其特征在于，包括以下步骤：
S1，对目标区域的DNA序列进行克隆测序和多重比对，确定待测SNP位点；
S2，针对所述SNP位点设计PCR扩增引物，所述PCR扩增引物中的正向引物或反向引物的3'末端对应所述待测SNP位点，将对应所述待测SNP位点的所述3'末端上的核苷酸进行LNA修饰；
S3，采用所述PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增，并根据扩增产物中目的条带的有无确定所述待测样本的SNP位点基因型；
所述待测样本为毛白杨，所述待测SNP位点位于纤维素合酶基因8上，所述PCR扩增引物的碱基序列为SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9；所述SEQ ID NO:8和SEQ ID NO:9的3'末端上的倒数第二个核苷酸进行LNA修饰。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述步骤S3中采用所述PCR扩增引物对待测样本的DNA进行扩增是在通过梯度实验得到的最佳PCR扩增条件和反应体系下进行的。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的条件为：预变性95℃5min，变性95℃30s，退火58～65℃30s或20s，延伸72℃1min，30个循环，最后延伸72℃10min。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的体系为：20ng基因组DNA，0.8UTaq酶，0.2mM dNTPs，10×PCR buffer以及50ng正向引物和50ng反向引物，补充水至25μl。
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