[发明专利]基于竞争性等位基因特异性PCR技术的FLC1特异SNP分子标记及应用

说明书

技术领域

本发明属于生物技术技术领域，涉及基于竞争性等位基因特异性PCR技术的FLC1特异SNP分子标记及应用。

背景技术

白菜类作物是我国栽培面积最大的蔬菜作物，在我国菜篮子工程中的作用举足轻重。近年，随着人们生活水平的提高，白菜生产已由保证数量供给为主转向以提高品质、满足周年生产供应和高端需求为主。食用品质优良、能满足多元化需求的特色大白菜品种如春播白菜、娃娃菜和快菜等在市场中越来越走俏，使得春白菜及高寒地区的春夏白菜栽培面积逐年扩大。先期抽薹是制约我国春大白菜及高海拔地区春夏白菜生产的主要限制因素，其对白菜生产最重要的影响是抑制叶片中营养物质积累，导致产量和品质下降。筛选抗抽薹遗传资源，培育抗抽薹新品种是解决白菜先期抽薹开花的根本途径，也是目前白菜最重要的育种目标之一。

抽薹开花是受复杂基因网络调控的数量性状，并且该网络中的很多基因都受表观遗传水平上的调控。FLC是控制植物开花的关键调控因子。白菜BrFLC家族共有BrFLC1-3和BrFLC5四个基因，在拟南芥和大白菜中过量表达这些BrFLC均可导致开花延迟，这说明BrFLC的功能与拟南芥FLC类似(Schranzetal.,2002；Kimetal.,2007；黄细松等,2007)。最近研究显示位于A02染色体的BrFLC2是调控白菜开花的重要基因(Zhaoetal.,2010；Xiaoetal.,2013)；也有研究显示，BrFLC1的可变剪切与开花时间密切相关(原玉香等,2008；Yuanetal.,2009)。

在育种实践及相关生物学研究的过程中，分子标记起着极其重要的作用。其在目标资源筛选，定位调控特定农艺性状的基因，基因聚合，品种鉴定等方面的应用越来越广泛。SNP属于新一代分子标记，具有丰度高、检测易实现自动化等特点。不同物种全基因组的序列测定及比较表明，SNP在基因组上的分布极其丰富，相比于目前育种中常用的SSR标记要广泛得多。SNP突变率低，尤其处于编码区的SNP是高度稳定的，其遗传稳定性要比SSR等遗传标记高得多，遗传分析或基因诊断时的重现性、准确性都优于SSR。

基于KASP(竞争性等位基因特异性PCR)的SNPline基因分型检测是英国LGC(LaboratoryoftheGovernmentChemist)有限公司开发的高通量SNP分型技术，其具有准确、灵活、低成本、高通量的特点，目前已经成为国际上SNP分析的主流方法之一。该方案的核心是KASP技术，即CompetitiveAllele-SpecificPCR。这项技术是基于引物末端碱基的特异匹配来对SNP分型以及检测InDels(InsertionsandDeletions，插入和缺失)。

分子标记在基于分子标记辅助选择(MAS)技术的抗性育种工作中起着越来越重要的作用。然而与目的基因紧密连锁的分子标记在应用过程中有可能受到遗传背景的限制，在不同的群体中需对亲本的多态性进行检测；此外，在减数分裂过程中，该类型的分子标记仍然存在着因染色体发生交换而失去了与目的基因紧密连锁关系的可能性，这使得在目的基因鉴定过程中会出现错选或漏选的情况(Hayashietal.,2006；Ingvardsenetal.,2008)。因此开发功能基因的分子标记显得尤为重要。

发明内容

本发明的一个目的是提供检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质的用途。

本发明提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态中的应用；

或本发明提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定白菜的抽薹状态产品中的应用。

本发明的第二个目的是提供检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质的用途。

本发明提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜中的应用；

或本发明提供了检测白菜基因组中FLC1-13859895G/ASNP位点的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定白菜为早抽薹白菜或晚抽薹白菜产品中的应用。