[发明专利]一种与凡纳滨对虾低溶氧耐受性相关的SNP标记及其筛选和应用

说明书

本发明公开了一种与凡纳滨对虾低溶氧耐受性相关的SNP标记及其筛选和应用。该SNP标记为SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起第155位碱基A或G；该标记与凡纳滨对虾的耐低溶氧性状紧密相关，能有效应用于凡纳滨对虾的分子标记辅助育种。本发明还公开了用于检测或筛选该SNP标记的引物对。采用本发明技术方案可根据实际育种需求对凡纳滨对虾育种材料进行早期选择，有效提高育种的效率和准确性，从而能够准确、高效地选育出抗逆性强的凡纳滨对虾品种。本发明方法实用性强、适用性广。

技术领域

本发明涉及一种与凡纳滨对虾低溶氧耐受性相关的SNP标记及其筛选和应用，属于水产动物遗传及分子标记辅助选择育种技术领域。

背景技术

凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）也称南美白对虾，隶属节肢动物门，甲壳纲，十足目，为广温广盐性热带虾类。因其具有生长速度快、抗逆性强、适应高密度养殖、繁殖期长等特点，已成为我国最主要的对虾养殖品种。目前，我国凡纳滨对虾养殖主要以传统养殖模式为主。然而，随着养殖密度的不断加大，传统养殖到了养殖后期极易出现缺氧情况，从而影响对虾的生长、摄食和蜕皮，造成对虾免疫力、抗病力、消化力下降，出现生长缓慢、死亡率高等现象。因此，利用遗传育种技术培育耐低溶氧的凡纳滨对虾新品种是解决以上问题的有效办法。

遗传标记是指用来区分不同的个体或群体并且能稳定遗传的物质或性状。SNP是指基因组特定位置上一个碱基的变异，且任一种等位基因在种群中的发生频率高于1%，变异的形式包括转换、颠换、插入/缺失等。SNP作为第三代分子标记因其具有数量巨大、分布广泛、共显性、高度稳定、易于自动化规模分析、能显示其他技术无法检测的隐藏多态性、可能与基因功能相关的众多优点，在分子标记辅助育种中得到广泛应用。如今，SNP分子标记技术已广泛应用于凡纳滨对虾的遗传育种中，且多集中于凡纳滨对虾一些重要的功能基因的研究。例如，已有学者利用SNP分子标记技术对凡纳滨对虾AMY基因进行的单核苷酸多态性研究，发现在凡纳滨对虾AMY基因存在4个SNP位点，分别为AMY 基因第4外显子 109bp 处T→C的突变、第4内含子46bp 处T→C的突变、第5外显子123bp处C→T的突变和第6外显子81bp处C→T的突变，且这4个SNP位点均与凡纳滨对虾生长性状显著相关。也有学者研究了凡纳滨对虾的耐寒相关基因TCP-1-eta的多态性，对其与耐寒性状的关系进行关联分析，发现在TCP-1-eta基因中存在1个SNP位点（C731T），且该SNP位点与凡纳滨对虾的耐寒性状显著相关。此外，亦有关于对凡纳滨对虾的免疫相关基因进行SNP位点分析的报道。但未见有与凡纳滨对虾耐低溶氧性状相关的SNP分子标记的相关报道。

发明内容

本发明旨在提供一种与凡纳滨对虾耐低溶氧性状相关的分子标记，该分子标记可应用于凡纳滨对虾抗逆性状的分子标记辅助选择育种，能为进行耐低溶氧性状关联研究提供有用信息，有利于凡纳滨对虾耐低溶解氧性状的遗传改良。

本发明通过以下技术方案实现：一种与凡纳滨对虾低溶氧耐受性相关的SNP标记，该SNP 标记为SEQ ID NO.1所示核苷酸序列自5’端起第155 位碱基A或G。

本发明的另一个目的在于提供一种用于检测本发明所述的SNP标记的引物对，所述引物对具体是引物CAT-FP和引物CAT-RP，是以凡纳滨对虾过氧化氢酶（CAT）基因mRNA（GenBank Accession NO.JX162772.1）序列为模板，利用Premier Primier 3.0软件设计所得。

所述引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示：

（1）SEQ ID NO.2：CCCGATAACCTGACCACG；

（2）SEQ ID NO.3：TTCCCAATCTCACTGAACAAAG。