[发明专利]利用SNaPshot技术检测绵羊FecB基因多态性的方法

说明书

技术领域

本发明涉及分子标记检测技术，具体地说，涉及一种利用SNaPshot技术检测绵羊FecB基因多态性的方法。

背景技术

家畜的产仔数是经济价值十分巨大的数量性状。对绵羊产羔数的选择不仅受到性别和年龄的限制，而且绵羊的产羔数是一个遗传力很低的数量性状，因此难以用常规的育种技术来改良产羔数性状。标记辅助选择能够通过影响选择的时间、选择的强度和准确性而极大地提高这类低遗传力性状的选择功效，而找到与这些数量性状基因座相连锁的分子遗传标记，则是实现标记辅助选择的先决条件。

上世纪50年代，Seears兄弟选育出一群可以生多胞胎的澳大利亚美利奴(Booroola Merino,BM)，并报道这种产多胞胎的美利奴绵羊比其他群体的美利奴绵羊产羔数提高了30％。该基因已被绵羊和山羊遗传命名委员会定名为FecB(Fecundity Booroola)。Montgomery等用遗传连锁和微卫星标记定位的方法将FecB基因定位于Booroola羊的第6号常染色体上。最终研究者发现绵羊FecB的影响是由于骨形态发生蛋白受体1B(Bone morphogenetic protein receptor 1B,BMPR1B)基因编码区发生了A746G突变，从而引起第249位氨基酸由谷氨酰胺变为精氨酸(Q249R)。1个Fec^B拷贝增加排卵数1.3-1.6枚，母羊产羔数增加0.9-1.2只；2个Fec^B拷贝增加排卵数2.7-3.0枚，母羊产羔数增加1.1-1.7只。

由于FecB基因能提高绵羊繁殖力，可带来巨大的经济利益，因此各地展开了对不同绵羊品种FecB基因的检测。目前研究表明FecB突变存在于世界各地各种高繁殖力绵羊品种中。我国的湖羊和小尾寒羊均携带此突变。传统的FecB基因检测方法，大多采用PCR-RFLP(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)和PCR-SSCP(polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism)检测方法，这些方法通量较低，程序繁多，较难实现高通量自动化测定。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)主要指在基因组水平上，由单个核苷酸变异引起的DNA序列多态性。是一种十分理想、有效的分子标记。

发明内容

本发明的目的是提供一种利用SNaPshot技术检测绵羊FecB基因多态性的方法。

为了实现本发明目的，本发明的一种检测绵羊多胎主效基因FecB基因型的方法，其是对绵羊第6号染色体上第29382188bp位点(NC_019463.1，基于绵羊基因组序列信息版本号Oar_v3.1，2012年12月)的核苷酸进行单核苷酸多态性检测，根据检测结果判定绵羊FecB基因为AA、AG或GG。本发明利用SNaPshot技术实现单核苷酸多态性检测。

本发明首先提供用于检测绵羊FecB基因型的引物组合：

PCR扩增引物的核苷酸序列如下：

上游引物F：5’-TTCAGATGGTGAAACAGATTGG-3’

下游引物R：5’-CAAGATGTTTTCATGCCTCATC-3’

延伸引物的核苷酸序列如下：

S1：5’-TTCCGAGAGACAGAAATATATC-3’

本发明提供含有所述引物组合的用于SNaPshot技术检测绵羊FecB基因型的试剂盒。

优选地，所述试剂盒还包括dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg²⁺、PCR反应缓冲液、核酸外切酶I和碱性磷酸酶等中的一种或多种。

更优选地，所述试剂盒还包括标准阳性模板。

本发明提供的利用SNaPshot技术检测绵羊FecB基因多态性的方法，包括以下步骤：

1)提取待测绵羊的基因组DNA；

2)以待测绵羊的基因组DNA为模板，利用所述引物组合中的引物F和R，进行PCR扩增反应；

3)用核酸外切酶I和碱性磷酸酶对PCR扩增产物进行纯化；

4)以纯化后的PCR扩增产物为模板，利用所述引物组合中的延伸引物进行延伸反应；

5)分析延伸产物，从而对绵羊FecB基因型进行判定。