[发明专利]遗传性视神经病变基因检测方法、基因芯片和试剂盒

说明书

技术领域

本发明属于生命科学与生物技术领域，具体涉及遗传性视神经病变基因SNP检测固相芯片、探针以及相关的检测试剂盒。本发明主要提供了：(1)提供遗传性视神经疾病基因SNP检测芯片，该芯片包括针对13个线粒体基因的46个SNP位点的的117条探针系列；(2)提供检测SNP位点的探针的制备引物；(3)提供一种用于眼科疾病相关基因SNP检测的试剂盒；(4)提供了更全面检测遗传性视神经病变基因的SNP位点的方法。

背景技术

Leber遗传性视神经病变(Leber's Hereditary Optic Neuropathy，LHON，简称Leber氏病)是一种母系遗传性视神经病变，主要累及视网膜、巩膜筛板前部视乳头黄斑束纤维，导致视神经退行性变的母系遗传病，严重的影响着人们正常的生产、生活。根据国家卫生部(http://www.moh.gov.cn/)最新数据统计我国现有的低视力人口约有710万，盲人约有500万，占总人数的0.4％，成为世界上视力损伤最严重的国家之一。其中，由视神经病变引起的约为55万。目前已报道40多种线粒体DNA突变位点与LHON致病相关(http://www.mitomap.org/)，其中90％以上的LHON的家系是由氧化磷酸化复合物I亚基上的ND4 G11778A、ND1 G3460A和ND6 T14484C这3个原发突变位点所致。除上述3个原发性突变位点外，还有近50个线粒体DNA突变与LHON相关，与线粒体相关的原发性Leber氏病在早期临床症状不明显，早期的检查常常会因此被耽误，尤其在我国偏远农村地区，这种情况普遍存在。因此，在高危人群和易感人群中开展mtDNA突变筛查，对于预防和控制与线粒体相关的原发性Leber氏病的发生有着极其重要的作用。

自发现与mtDNA突变相关的疾病以来，检测线粒体突变位点的检测方法主要还是序列测定。直接测序法是鉴定突变的黄金标准，但该操作繁琐，费用昂贵限制了它的广泛应用。

近年来，国内相继报道了Leber遗传性视神经病变的基因诊断试剂盒及其检测方法，以满足对线粒体突变突变进行广泛筛查的需要，如福建医科大学于2005年申请了的基因诊断试剂盒及其检测方法专利(专利号：200510006097.8)，该发明是根据90％以上的Leber氏遗传性视神经病变患者的线粒体DNA突变属于3个原发性致病位点突变(G11778A、G3460A和T14484C)，设计和合成位点特异性PCR引物，直接以全血样作PCR的DNA模板，利用等位基因特异性多重PCR技术，单管一次性PCR反应，同时检测LHON患者的线粒体DNA的3个原发性致病突变位点，具有简便快速、高效、费用低、特异性好、只需微量血液样本等优点，为LHON患者的快速临床基因诊断提供一种简易、可靠的方法和试剂盒，具有巨大的普及推广应用价值。但是该方法存在血液中直接PCR扩增的难度加大，实验中采取的多重PCR的条件要求将会增加，检测方法跟普通的方法没有本质的区别。2006年杭州优思达生物科技有限公司建立一种以单核苷酸多态性核酸试纸快速检测LHON线粒体DNA中G11778A位点突变的新方法(专利号：200610003429.1)。在应用单核苷酸多态性核酸检测试纸条进行多态位点或突变位点的检测时,需要设计一条特异性延伸引物，这条引物的3’端碱基紧临多态性碱基或突变碱基,其在DNA聚合酶的作用下开始延伸,带有抗原标记与模板对应的双脱氧单核苷酸(ddNTP)被连接到延伸引物上。虽然该方法能够实现短时间内的检测阳性位点，但PCR扩增条件严格，存在假阴性的几率大大增加。

发明内容

本发明的目的是针对目前检测线粒体DNA突变位点的方法所存在的缺点，提供一种具有快速、高通量特点的试剂盒，能更好的有利于该疾病的早期诊断与治疗的遗传性视神经病变基因SNP检测。