[发明专利]一种稻瘟病抗性基因Pita的分子标记和应用

说明书

技术领域

 本发明涉及植物生物技术领域，更具体地，涉及一种稻瘟病抗性基因Pita的分子标记和应用。

背景技术

稻瘟病是造成水稻严重减产的主要病害之一，每年因稻瘟病导致的生产损失约占总产量的10～15%。目前，发掘广谱稻瘟病抗性基因或主效QTL，通过聚合育种，培育广谱持久抗病的水稻品种是控制稻瘟病的主要措施。因此，稻瘟病抗性基因的检测以及稻瘟病抗性水稻种质筛选就显得尤为重要。

Pita基因是目前已克隆的具广谱抗性的水稻稻瘟病抗性基因，位于水稻第12染色体近着丝点区，包含2个外显子和1个1463 bp的内含子，编码1个长度为928个氨基酸的胞质受体蛋白。Pita位点上的抗、感两种等位基因的编码产物仅有一个氨基酸的差异，即第918氨基酸由抗病产物的丙氨酸变异为感病产物的丝氨酸，是由单个SNP（G/T）的变异造成的。

目前对于SNP的检测技术主要有限制性片段长度多态性分析（RFLP）、裂解扩增多态性序列分析（cLeaved ampLified poLymorphic sequence anaLysis，CAPS）、寡核苷酸连接分析（OLA）或者扩增产物测序等方法。但由于这些标记稳定性、检测效率、成本上具有较大的局限性，例如CAPS需进行PCR扩增、酶切、电泳分离酶切片段，造成检测费时且成本较高。

四引物扩增受阻突变体系PCR（ARMS-PCR）能够针对SNP位点进行特异等位扩增；针对已知的变异位点，于两侧分别设计1对外引物和1对特异性内引物，特异性内引物3'末端碱基必须落在突变点的位置上，从而选择性地扩增突变型与野生型个体基因。在同一次扩增中野生型和突变型基因产生的扩增片段长度不同，通过产物片段分离的特定条带的有无判别个体的基因型，ARMS-PCR是一种共显性分型技术，具有操作简便、分型快速、费用低廉等优势。

发明内容

本发明所要解决的技术问题是克服现有技术所存在的上述缺陷，提供一种稻瘟病抗性基因Pita的分子标记。

本发明的第二个目的是提供上述分子标记在鉴定稻瘟病抗性基因Pita基因型或/和水稻能否抗稻瘟病中的应用。

本发明的第三个目的是提供上述分子标记在水稻育种中的应用。

本发明的第四个目的是提供利用上述分子标记鉴定稻瘟病抗性基因Pita基因型的方法。

本发明的第五个目的是提供利用上述分子标记鉴定水稻能否抗稻瘟病或同时鉴定稻瘟病抗性基因Pita基因型和水稻能否抗稻瘟病的方法。

本发明的目的是通过以下技术方案予以实现的：

一种水稻稻瘟病抗性基因Pita的分子标记Pita-G/T，所述分子标记由一对外引物Pita-O-F、Pita-O-R和一对内引物Pita-T-F、Pita-C-R组成，引物序列如SEQ ID NO：1～4所示。

本发明上述分子标记是针对Pita基因编码区第918氨基酸的存在一个G/T的SNP变异设计、筛选后获得，其中，Pita-T-F、Pita-G-R的3’端第3个碱基引入错配碱基。

本发明还提供了上述分子标记在鉴定稻瘟病抗性基因Pita基因型或/和水稻能否抗稻瘟病中的应用。

本发明还提供了上述分子标记在水稻育种中的应用。

本发明还提供了利用上述分子标记鉴定稻瘟病抗性基因Pita基因型的方法，具体地，包括以下步骤：

S1 待测样品DNA提取；

S2 以S1得到的样品DNA为模板，构建PCR反应体系，利用所述分子标记进行PCR扩增；

S3 分析PCR扩增后的产物，进行结果判定，所述结果判定为：若出现202bp和309bp条带，则表明待测样品的Pita为抗病基因型；若出现156bp和309bp条带，则表明待测样品的Pita为感病基因型；若出现156bp、202bp和309bp条带，则表明待测样品的Pita为杂合型。

本发明还提供了利用上述分子标记鉴定水稻能否抗稻瘟病或同时鉴定稻瘟病抗性基因Pita基因型和水稻能否抗稻瘟病的方法，具体地，包括以下步骤：

S1 待测样品DNA提取；

S2 以S1得到的样品DNA为模板，构建PCR反应体系，利用所述分子标记进行PCR扩增；