[发明专利]与早产的发生相关的RANTES基因SNP分子标记及检测其的试剂盒

说明书

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，具体涉及一种检测与早产的发生相关的RANTES基因的SNP分子标记及检测该分子标记的试剂盒。

背景技术

早产(Preterm Birth，PTB)是导致新生儿发病和死亡的重要原因，同时也是导致婴幼儿发生诸如脑瘫、发育迟缓、早产儿视网膜病变、慢性肺部疾病以及听觉和视觉障碍等并发症和后遗症的重要因素。75％的新生儿发病和死亡与早产有关。每年在全球约有1500万的早产儿，而且这个数字在不断上升。据世界卫生组织发布数据显示，2011年我国早产儿的发病率为7.8％，有近110万的早产儿出生，出生数量仅次于印度。早产已成为一个世界性的卫生问题。已有的流行病学研究表明早产有明显的家族聚集现象。而且早产的发病率具有种族和民族差异，在非洲裔的美国人群中早产的发病率是欧洲白种人的两倍。上述研究表明遗传因素在自发性早产发病中起重要作用。因此，鉴定早产的易感基因有助于预测早产发生的个体风险和群体风险，且有助于阐明与此疾病相关的发病机制。

妊娠是一个复杂的生理过程，炎症反应在早产及胎膜早破的发病中起重要作用，是早产及胎膜早破发生的主要原因。炎症细胞因子的基因在早产和胎膜早破中发挥重要作用，是研究早产及胎膜早破易感性很好的候选基因。趋化性细胞因子对白细胞的趋化作用是炎症发生过程中的重要起始步骤,也是机体防御和清除入侵病原体等异物先天性免疫功能的一个重要方面。

受激活调节正常T细胞表达和分泌因子(regulated upon activation normal T cell expressed and secreted factor,RANTES),是趋化性细胞因子CC亚族成员(CCL5)。RANTES对单核细胞、巨嚼细胞、T淋巴细胞和嗜酸性粒细胞具有趋化功能。RANTES能引起嗜酸性粒细胞和嗜碱性粒细胞脱粒,能引起嗜酸性细胞产生呼吸爆发,有刺激T淋巴细胞增生的作用RANTES就是通过它的这些生物学功能在急慢性炎症中发挥作用。

目前，已经有关于RANTES基因多态性与冠心病、大动脉炎、糖尿病、呼吸道合胞病毒感染、HIV、肺结核和移植抗宿主反应等疾病易感性的研究报道。已有的研究主要集中在RANTES基因启动子区域的G-403A(ra2107538)、C-28G(rs2280788)和内含子区影响转录功能的In1.1T/C(rs2280789)三个多态性位点。然而，RANTES基因多态性在早产发生中的作用尚未见报道。

发明内容

本发明的目的是提供一种与早产的发生相关的RANTES基因的SNP分子标记，该分子标记为RANTES基因的IN1.1T/C(rs2280789)多态性位点。

本发明的另一目的在于提供检测上述分子标记的试剂盒。

为达到上述目的，本发明首先对来自医院的大量临床病例样本和实验室样本进行统计分析，发现携带RANTES In1.1 CC基因型的个体对早产有更高的易感性。

因此，本发明首先提供一种用于检测与早产的发生相关的RANTES基因的SNP分子标记，其SNP位点为IN1.1T/C。

进一步地，本发明提供了RANTES基因的IN1.1T/C位点在制备判断早产发生风险的试剂盒中的应用。

更进一步地，本发明提供了上述应用中，当个体RANTES基因IN1.1T/C位点为CC基因型时，表明其对早产的易感性高。本发明还提供上述SNP分子标记在制备判断早产发生风险的诊断试剂中的应用。

本发明还提供了用于检测上述SNP分子标记的引物，其核苷酸序列为：

上游引物：5’-CCTGGTCTTGACCACCACA-3’，

下游引物：5’-GCTGACAGGCATGAGTCAGA-3’。

含有上述引物对的试剂盒也属于本发明的保护范围。

本发明的试剂盒是利用PCR对IN1.1T/C位点进行检测。

本发明试剂盒的工作程序为：

(1)提取待测样品基因组DNA,以其为模板，以权利要求5所述的引物对为扩增引物，进行PCR反应；所述PCR反应在95℃5min预变性后进行2个阶段的扩增：第1阶段为94℃变性30s，退火温度从58℃开始每个循环降0.5℃退火30s，72℃延伸50s，一共16个循环；第2阶段为94℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸50s，一共14个循环；最后72℃延伸7min；

(2)回收扩增产物，测序，根据峰图判断基因型。