[发明专利]鸡肠炎沙门氏菌感染甲基化调控基因的鉴定方法

权利要求书

1.一种鸡肠炎沙门氏菌感染甲基化调控基因的鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：

S1、选择沙门氏菌阴性寿光鸡，均分为试验组和对照组；所述试验组通过口腔灌服法接种0.3ml肠炎沙门氏菌，2-4×10⁸cfu/只，所述对照组接种0.3mL的磷酸盐缓冲溶液；

S2、接种14天后，根据感染肠炎沙门氏菌鸡只盲肠内容物细菌含量结果，选择实验组中细菌含量最多的个体3-6个；任意选择对照组中等数量的个体；被选中的每个个体的脾脏作为一个样本；

S3、从各个样本中提取DNA，实验组和对照组各构建1个DNA混池，利用The AIR^TMDNA破碎试剂盒将各DNA混池中的DNA打断至150-800bp的大小不等DNA片段，用T4DNA聚合酶和克列诺酶将得到的所有DNA片段修饰成平末端；

S4、用Agencourt公司的产品AMPure XP磁珠筛选300-400bp的修饰成平末端的DNA片段并纯化；

S5、在筛选出的DNA片段的平末端序列末端加腺嘌呤变成粘性末端；

S6、将筛选出的DNA片段与接头序列连接，采用甲基化DNA沉淀试剂盒对连接完成后的序列样品进行甲基化DNA富集，验证扩增纯化后进行测序以确定甲基化发生差异的具体基因；

S7、进行数据分析，获得MeDIP-Seq数据产出统计表，各染色体上DMR所占百分比，DMR在各个区域的分布情况，甲基化差异显著基因的基因本体论功能分析，差异基因的信号通路分析，显著差异基因甲基化的倍数变化；

S8、通过对甲基化差异基因的鉴定和对基因的功能和信号通路分析，结合差异基因的甲基化倍数变化，鉴定得出肠炎沙门氏菌感染中发挥甲基化调控的基因。