[发明专利]与前列腺癌有关的基因组重排和使用所述基因组重排的方法

说明书

相关申请的交叉引用

本申请要求2013年12月30日提交的美国临时专利申请号61/921,780的权益，并依赖于其提交日期，其整个内容通过引用结合到本申请中。

政府利益

本发明部分在政府支持下完成。政府在本发明中享有一定权益。

序列表

本申请含有电子提交的ASCII格式的序列表，并通过引用以其整体结合到本文中。2014年12月30日创建的所述ASCII副本被命名为HMJ-149-PCT_SL.txt，且大小为205,868字节。

发明背景

到2013年，估计238,590名男性将被诊断患有前列腺癌(CaP)，并且估计29,720名男性将列于该疾病[1]。这种恶性肿瘤是美国男性癌症相关死亡的第二主要原因。另外，与其它人种相比，非裔美国(AA)男性具有因CaP所致的最高发病率和死亡率[1]。从表现和诊断至治疗、生存和生命质量来看都存在人种差异[2]。研究人员提出社会经济地位(SES)对包括CaP特异性死亡率在内的这些差异产生显著影响[3]。同样，有证据显示，获得护理的机会减少与CaP结局差有关，所述结局差在AA男性中比在高加索美国(CA)男性中更普遍[4]。

然而，存在其中AA男性具有与CA男性类似的结局的群体。Sridhar和同事[5]发表了元分析，其中他们得出结论，当说明SES时，在AA和CA男性之间在总体生存和CaP特异性生存方面没有差异。类似地，军人和退伍军人群体(同样的访问和筛选系统)在种族间在生存方面未观察到差异[6]，且到2000年代早期在退伍军人组群中在诊断时病理期的差异缩小[7]。值得注意的是，这两项研究表明，与CA男性相比，AA男性更可能具有较高的Gleason评分和PSA水平[6，7]。

虽然社会经济因素可能对CaP结局产生影响，但是它们似乎无法说明与诊断和疾病风险有关的所有变量。若干研究支持与CA男性相比AA男性具有较高的CaP发病率[1，8，9]。研究还显示AA男性具有诊断时显著较高的PSA、活组织检查中较高等级的疾病、各阶段较大的肿瘤体积和根治性前列腺切除术前较短的PSA倍增时间[10-12]。在有关应激和炎性反应的肿瘤微环境中注意到CA和AA男性的前列腺癌之间的生物学差异[13]。虽然在生物学差异的作用方面仍有争议，但是所表现的发病率和疾病侵袭性中观察到的差异表明AA和CA男性之间前列腺癌病变的不同途径的潜在作用。

在过去十年内，大量研究集中在癌基因的改变及其在CaP中的作用[14-16]。在CaP中过量表达并且是CaP中最普遍已知的癌基因的TMPRSS2/ERG基因融合物中注意到种族性和人种间流行率的变化[17，18]。累计数据表明在种族性间ERG致癌变化有差异[17，19-21]。在描述ERG过量表达和ERG剪接变体的最初的论文中注意到与AA男性相比CA男性中显著较大的ERG表达[17，21]。该差异在有高Gleason等级(8-10)肿瘤的患者中在CA和AA之间甚至更明显(50%与16%)。[Ferrell等，手稿]。因此，ERG是这些人种群(ethnic group)间的主要体细胞基因改变。但除TMPRSS2/ERG以外，对有关AA和CA男性间的CaP差异的遗传基础知之甚少，甚至未知[24]。

因此，需要对不同种族人群有特异性并提供更准确的诊断和/或预后潜力的新的生物标志物和治疗标志物。

发明概述

本公开内容提供发生在染色体3q13区域并包括ZBTB20基因和LSAMP基因的基因组排列和根据在包含前列腺细胞的生物样品中ZBTB20/LSAMP基因组排列的检测诊断和预测前列腺癌的方法。ZBTB20/LSAMP基因组排列可以是ZBTB20基因和LSAMP基因间的基因融合、基因倒位、基因缺失或基因重复。

在来自受试者的前列腺细胞中检出ZBTB20/LSAMP基因组重排表明受试者患有前列腺癌或发生前列腺癌的可能性加大或将受试者的前列腺癌表征为侵袭形式的前列腺癌或发展成侵袭形式的前列腺癌的风险增加。ZBTB20/LSAMP基因重排可在核酸或蛋白质水平上测量。