[发明专利]与前列腺癌有关的基因组重排和使用所述基因组重排的方法

权利要求书

1.一种鉴定或表征受试者的前列腺癌的方法，所述方法包括检测获自受试者的生物样品中基因组重排的存在与否，其中所述生物样品包含前列腺细胞或从前列腺细胞分离的核酸或多肽，且其中所述基因组重排发生在染色体3q13区域并包括ZBTB20基因和LSAMP基因，且其中检出基因组重排鉴定受试者的前列腺癌，或将受试者的前列腺癌表征为侵袭形式的前列腺癌或发展成侵袭形式的前列腺癌的风险增加。

2.权利要求1的方法，其中所述生物样品包含前列腺细胞或从中分离的核酸或多肽。

3.权利要求1或2的方法，其中所述基因组重排是基因融合、基因倒位、基因缺失或基因重复。

4.权利要求1-3中任一项的方法，其中受试者的前列腺癌不表达TMPRSS2/ERG基因融合。

5.权利要求1-4中任一项的方法，其中所述受试者具有非洲血统。

6.权利要求1或2的方法，其中检测生物样品中基因组重排的存在包括检测具有来自ZBTB20基因的第一部分和来自LSAMP基因的第二部分的基因组DNA的染色体重排。

7.权利要求1或2的方法，其中检测生物样品中基因组重排的存在包括检测具有来自ZBTB20基因的第一核酸部分和来自LSAMP基因的第二核酸部分的嵌合mRNA或cDNA转录物。

8.权利要求7的方法，其中所述第一核酸部分是ZBTB20基因的外显子1，所述第二核酸部分是LSAMP的外显子3*或外显子4。

9.权利要求1或2的方法，其中检测生物样品中基因组重排的存在包括检测染色体3q13区域的缺失，其中所述缺失跨越ZBTB20和LSAMP基因。

10. 权利要求1或2的方法，其中检测生物样品中基因组重排的存在包括检测包含外显子0* (SEQ ID NO: 47)或外显子3* (SEQ ID NO:45)的mRNA或cDNA转录物。

11.权利要求1-10中任一项的方法，所述方法进一步包括测量下列基因的一个或多个的表达：COL10A1、HOXC4、ESPL1、MMP9、ABCA13、PCDHGA1或AGSK1。

12.权利要求1-11中任一项的方法，所述方法进一步包括测量下列基因的一个或多个的表达：ERG、AMACR、PCA3或PSA。

13.权利要求1-12中任一项的方法，所述方法进一步包括根据基因组重排的检测为受试者选择治疗方案的步骤。

14.权利要求1-13中任一项的方法，所述方法进一步包括如果在获自受试者的生物样品中检出基因组重排则对受试者进行治疗的步骤。

15.一种组合物，其包含多核苷酸探针，其中所述多核苷酸探针在高严格性条件下与嵌合核酸的连接处杂交，其中所述嵌合核酸包含：

(a) 来自ZBTB20基因的第一部分和来自LSAMP基因的第二部分；

(b) 来自LSAMP基因的外显子3*的第一部分和来自LSAMP基因的外显子4的第二部分；或

(c) 来自LSAMP基因的外显子0*的第一部分和来自LSAMP基因的外显子1的第二部分。

16.权利要求15的组合物，其中所述第一部分是ZBTB20基因的外显子1，所述第二部分是LSAMP的外显子3*或外显子4。

17.权利要求15或16的组合物，其中所述多核苷酸探针被标记。

18.一种试剂盒，其包含权利要求17的组合物和包含在高严格性条件下与选自COL10A1、HOXC4、ESPL1、MMP9、ABCA13、PCDHGA1和AGSK1的基因杂交的多核苷酸探针的第二组合物。

19.一种试剂盒，其包含权利要求17的组合物和包含在高严格性条件下与选自ERG、AMACR、PCA3和PSA的基因杂交的多核苷酸探针的第二组合物。