[发明专利]用于对cMET核酸进行多模态分析的组合物及方法

说明书

相关申请的交叉引用

根据35U.S.C.§119(e)，本申请要求2013年8月14日提交的美国临时申请号61/865,755的优先权，以引用的方式将其内容整体并入本文。

序列表

本申请包含序列表，所述序列表已经以ASCII格式电子提交，并在此以引用的方式将其整体并入。所述ASCII副本创建于2014年7月31日，命名为046264-077471-PCT_SL.txt，大小为97,800字节。

技术领域

本文所述的技术涉及使得能够对cMET的改变(例如拷贝数和表达水平的变异和/或突变(包括点突变)的存在)进行检测的测定法和方法。

背景技术

个性化医疗的发展使得鉴别了当被扰动或改变时可引起疾病的基因。然而，疾病相关的基因能够以多种方式改变，例如，在与野生型或健康受试者相比时，在患有给定疾病或具有发展为给定疾病风险的受试者中，基因的基因组拷贝数(拷贝数变异；“CNV”)能够改变、编码基因的序列能够改变和/或基因的表达水平能够改变。

例如，cMET与癌症相关，任何给定的癌细胞均可展示出此类cMET改变中的一种或多种。cMET表达产物HGFR(肝细胞生长因子受体)的活化促进细胞增殖、细胞存活、侵入、细胞运动性、转移和血管生成。HGFR的活化可由生长因子浓度失衡、基因扩增和/或突变导致的过表达引起。在实体瘤(例如肾癌、胃癌和肝细胞癌的肿瘤)、腺癌以及鳞状、大细胞和小细胞癌中已经发现cMET的这些改变。

通常使用不同的方法对这些改变类型各自进行检测，这些方法各自表现出限制临床适用性的弱点。例如，通常借助免疫组化来检测表达水平，该方法可受到抗体灵敏度低的影响，导致阳性样本表现出看起来较弱的表达水平。可借助FISH来检测CNV和基因表达水平，但这些测定法可表现出20％以上的实验室间不一致。可利用RT-PCR来实施突变和基因表达测定法，然而现有技术提供的多重性(multiplex)能力低于综合临床诊断所需的水平。多模态(multimodal)、多重测定法的开发可允许更快更经济地对患者进行测试和筛查，使得健康护理得到改进。

发明内容

本文所述的技术涉及用于对cMET的改变(例如序列(突变)、表达水平和/或基因拷贝数的改变)进行检测的方法和测定法。发明人开发了测定法并发现了方法，以在单个多重反应混合物中对cMET拷贝数和cMET表达水平进行可靠测定以及在包含低至两个独立反应的单个多重测定法中对cMET拷贝数、cMET表达水平和是否存在cMET突变进行测定。

一方面，本文描述了用于对cMET的改变进行检测的测定法，所述测定法包括：将核酸样本的部分与两个引物组相接触，其中，第一引物组检测cMET基因拷贝数变异的改变，第二引物组检测cMET基因表达水平的变化，其中，所述第一引物组包含对cMET的至少一种gDNA特异性序列和至少两个参照基因各自的至少一种gDNA特异性序列进行扩增的引物对亚组，其中，一个参照基因位于7号染色体，一个参照基因不位于7号染色体，从而对cMET基因拷贝数变异进行检测，其中，所述第二引物组包含对cMET的mRNA特异性序列和至少两个参照基因的mRNA特异性序列进行扩增的引物对亚组；对包含所述样本的所述部分和所述两个引物组的反应混合物实施PCR扩增方案(regimen)，所述扩增方案包括链分离、引物退火和引物延伸的循环；检测各引物对的扩增子(amplicon)水平；针对参照基因扩增子将cMET扩增子水平归一化；以及将归一化的cMET扩增子水平与参照水平进行比较，其中，与所述参照水平相比gDNA特异性cMET扩增子水平更高表明所述样本中存在cMET基因扩增的改变，与所述参照水平相比mRNA特异性cMET扩增子水平改变表明所述样本中存在cMET基因表达水平的改变。