[发明专利]甲基化DNA的检测方法

权利要求书

1.一种非疾病诊断方法的甲基化DNA的检测方法，其特征在于，包括以下工序(1)、(2)、(3)和(4)：

(1)用亚硫酸氢盐处理样品DNA的工序；

(2)将该用亚硫酸氢盐处理了的样品DNA通过PCR进行扩增的工序；

(3)在45℃以上且小于90℃的柱温度下，将得到的PCR扩增产物施加于离子交换色谱的工序；以及

(4)基于由该离子交换色谱检测到的保留时间检测甲基化DNA的工序。

2.根据权利要求1所述的方法，其中，所述离子交换色谱的柱温度为55℃～85℃。

3.根据权利要求1所述的方法，其中，进一步包括以下工序：将用亚硫酸氢盐处理所述样品DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱检测到的保留时间，与用亚硫酸氢盐处理与所述样品DNA的碱基序列相同但没有甲基化的DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱检测到的保留时间进行比较，或者与用亚硫酸氢盐处理与所述样品DNA的碱基序列相同且甲基化的比例已知的DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱检测到的保留时间进行比较。

4.根据权利要求2所述的方法，其中，进一步包括以下工序：将用亚硫酸氢盐处理所述样品DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱检测到的保留时间，与用亚硫酸氢盐处理与所述样品DNA的碱基序列相同但没有甲基化的DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱检测到的保留时间进行比较，或者与用亚硫酸氢盐处理与所述样品DNA的碱基序列相同且甲基化的比例已知的DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱检测到的保留时间进行比较。

5.根据权利要求3所述的方法，其中，进一步包括以下工序：基于所述比较的工序的结果，测定所述样品DNA中甲基化DNA有无存在或甲基化率。

6.根据权利要求4所述的方法，其中，进一步包括以下工序：基于所述比较的工序的结果，测定所述样品DNA中甲基化DNA有无存在或甲基化率。

7.根据权利要求1所述的方法，其中，进一步包括以下工序：从用亚硫酸氢盐处理所述样品DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱得到的检测信号中，减去用亚硫酸氢盐处理与所述样品DNA的碱基序列相同但没有甲基化的DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱得到的检测信号，得到差值数据的峰的保留时间。

8.根据权利要求2所述的方法，其中，进一步包括以下工序：从用亚硫酸氢盐处理所述样品DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱得到的检测信号中，减去用亚硫酸氢盐处理与所述样品DNA的碱基序列相同但没有甲基化的DNA而得的产物的PCR扩增产物的由离子交换色谱得到的检测信号，得到差值数据的峰的保留时间。

9.根据权利要求7所述的方法，其中，进一步包括以下工序：基于所述差值数据，测定所述样品DNA中甲基化DNA有无存在或甲基化率。

10.根据权利要求8所述的方法，其中，进一步包括以下工序：基于所述差值数据，测定所述样品DNA中甲基化DNA有无存在或甲基化率。

11.根据权利要求1～10中任1项所述的方法，其中，所述离子交换色谱是阴离子交换色谱。

12.根据权利要求1～10中任1项所述的方法，其中，所述离子交换色谱中使用的柱填充剂含有基材粒子，在该基材粒子的表面具有强阳离子性基团和弱阳离子性基团这两种基团。

13.根据权利要求1～10中任1项所述的方法，其中，所述离子交换色谱中，所述PCR扩增产物的洗脱所使用的洗脱液含有反离液离子。

14.根据权利要求13所述的方法，其中，所述反离液离子是硫酸根离子和铵根离子中的任一种或两种。

15.一种非疾病诊断方法的从样品DNA的信号提取甲基化DNA的信号的方法，其特征在于，包括以下工序(1)～(6)：

(1)用亚硫酸氢盐处理样品DNA的工序；

(2)将该用亚硫酸氢盐处理了的样品DNA通过PCR进行扩增的工序；

(3)在45℃以上且小于90℃的柱温度下，将工序(2)中得到的PCR扩增产物施加于离子交换色谱的工序；

(4)用亚硫酸氢盐处理与该样品DNA的碱基序列相同但没有甲基化的DNA，并进行PCR扩增的工序；

(5)在45℃以上且小于90℃的柱温度下，将工序(4)中得到的PCR扩增产物施加于离子交换色谱的工序；以及

(6)从工序(3)中得到的色谱检测信号中减去工序(5)中得到的色谱检测信号而得到差值数据的峰的保留时间的工序。