[发明专利]癌症中的TERT(端粒酶逆转录酶)基因启动子突变

说明书

本申请享有起初在美国的两个临时申请61/833773(2013年6月11日提交)和61/805710(2013年3月27日提交)的所授予的权益,这里对两个临时申请做了完整参考引用和整合。

本发明得到了美国国立卫生研究院R01CA134225的资助，政府享有一定的发明权。

本申请包含有序列表格。已通过EFS-网络提交电子板，以ASCII文本形式，文件名为“P12422-03_ST25.txt”。序列列表的大小为1605字节，2014年3月27日产生，在此做完整整合。

技术领域

本发明涉及癌症领域。更具体地，本发明提供了与某些癌症中基因启动子突变有关的方法和组合系统。

背景技术

甲状腺癌是最常见的经典的内分泌恶性肿瘤，其发病率已经在过去的几十年里迅速攀升，包括在美国以及其他工业化国家。甲状腺癌中组织学上分类为四组：乳头，滤泡，髓样，和未分化甲状腺癌。如果诊断在早期阶段，甲状腺癌是一个好治疗的疾病。总体而言，患者5年平均存活率为97％。然而，有高度期进展侵袭性甲状腺癌的病人5年存活率较差，约40％。举例来说，肿瘤大，有浸润性，或有转移的病人预后很差。还有，对失去放射性碘摄取能力的转移性疾病，现没有有效的治疗方法，这些患者10年存活率小于15％。

尽管相对少见(占美国所有恶性肿瘤的1％)，甲状腺癌的发病率在美国从1984年至2004年间增加了一倍。1995年至2004年，甲状腺癌是第三个增长最快的癌症，仅次于腹膜，大网膜，肠系膜及癌症和其他消化道癌症。同样，大幅增加甲状腺癌的发病率也已在加拿大，澳大利亚，以色列和一些欧洲国家的观察到。因此，需要对甲状腺癌的分子机制有更好的理解，以帮助开发新的诊断工具和更好的治疗选择。

发明内容

本发明是基于或至少部分地基于下述发现，即在某些癌，包括甲状腺癌，膀胱癌和脑胶质母细胞瘤中的端粒酶逆转录酶(TERT)基因启动子区的某些多发突变，因此代表新的诊断，风险预后评估和治疗靶点和手段。

更具体地讲，通过大量的原发肿瘤的基因测序，我们探讨在端粒酶逆转录酶(TERT)基因的启动子突变1,295,228C>T和1,295,250C>T(分别被称为C228T和C250T)，其分别对应从翻译起始位点的-124C>T和-146C>T。我们发现C228T突变率在良性甲状腺肿瘤中为0/85(0.0％)，在乳头状甲状腺癌(PTC)中为30/257(11.7％)，在滤泡状甲状腺癌(FTC)为9/79(11.4％)，在低分化甲状腺癌(PDTC)中为3/8(37.5％)，在未分化甲状腺癌(ATC)中为23/54(42.6％)，在甲状腺癌的细胞系中为8/12(66.7％)。C250T突变是不常见的，但与C228T突变相互排斥的，这两个突变一并发生在11/79(13.9％)甲状腺滤泡状癌，25/54(46.3％)未分化甲状腺癌，11/12(91.7％)甲状腺癌细胞系。在乳头状甲状腺癌各亚型中，C228T突变被发现在4/13(30.8％)高细胞亚型PTC(TCPTC)，23/187(12.3％)常规亚型PTC(CPTC)，和2/56(3.6％)滤泡亚型PTC(FVPTC)。在16例检测的甲状腺髓样癌样本中没有发现TERT突变。C228T突变与BRAFV600E突变在PTC中相关，存在于19/104(18.3％)BRAF突变阳性的PTC，但只存在于11/153(7.2％)的BRAF突变阴性PTC样品(P＝0.0094)。相反地，BRAF突变发现存在于85/227(37.4％)C228T突变阴性的PTC样本，而在19/30(63.3％)C228T突变阳性的PTC。因此，就我们所知，这是第一次证明TERT启动子突变在甲状腺癌存在，在具有高度期高侵袭性甲状腺癌TCPTC，PDTC，ATC和BRAF突变阳性的PTC尤其常见，揭示了甲状腺癌新的遗传背景。另外，如本文进一步描述的，我们发现，高度重复发生的TERT启动子突变也高频率地发生在膀胱癌和脑胶质细胞瘤中。