[发明专利]用于标记和分析样品的方法和组合物

权利要求书

1.一种标记靶寡核苷酸的方法，其包括：

a.将DNA分为多个区室；

b.在所述区室内在所述DNA上进行体外转录反应，从而获得含有RNA的区室；

c.将所述含有RNA的区室的内部与含有靶寡核苷酸的成组的区室的内部合并；

d.使所述RNA与所述靶寡核苷酸杂交；以及

e.执行反应，以将对应于所述RNA的序列附接到所述靶寡核苷酸，由此提供标记的靶寡核苷酸。

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA为双链。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述区室为油和水的乳剂内的液滴。

4.根据权利要求1所述的方法，其中所述标记的靶寡核苷酸包括至少一个包含细胞标签和分子标签的靶寡核苷酸。

5.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶寡核苷酸为互补DNA(cDNA)或信使RNA(mRNA)。

6.根据权利要求5所述的方法，其进一步包括，在步骤(c)的所述合并之前，将所述靶寡核苷酸分为所述成组的区室。

7.根据权利要求5所述的方法，其进一步包括，在步骤(c)的所述合并之前，将成组的细胞分成所述成组的区室并且裂解所述细胞，以便释放细胞寡核苷酸。

8.根据权利要求7所述的方法，其中所述细胞寡核苷酸为所述靶寡核苷酸。

9.根据权利要求7所述的方法，其中所述细胞寡核苷酸为细胞mRNA。

10.根据权利要求9所述的方法，其进一步包括在所述细胞mRNA上进行反转录，以生成细胞cDNA。

11.根据权利要求1所述的方法，其中所述靶寡核苷酸为细胞cDNA。

12.根据权利要求1所述的方法，其中所述反应为cDNA末端快速扩增(RACE)反应。

13.根据权利要求10所述的方法，其中所述反转录是利用对基因组区具有特异性的引物进行的。

14.根据权利要求1所述的方法，其中所述DNA与固相支持物偶联。

15.根据权利要求14所述的方法，其中所述固相支持物为磁珠。

16.根据权利要求10所述的方法，其中所述反转录在所述合并步骤前，在所述成组的区室内进行。

17.根据权利要求10所述的方法，其中所述反转录在合并后的区室内进行。

18.根据权利要求13所述的方法，其中所述基因组区为免疫球蛋白基因或T细胞受体基因。

19.根据权利要求2所述的方法，其中所述双链DNA包含启动子区、部分测序接头区、随机聚体细胞标签以及通用序列。

20.根据权利要求2所述的方法，其中所述双链DNA包含启动子区、部分测序接头区、随机聚体细胞标签以及通用序列，其中每个DNA分子含有不同的分子标签序列。

21.根据权利要求14和15中任一项所述的方法，其中所述DNA包含分子标签。

22.根据权利要求4所述的方法，其中执行反应以附接序列包括将包含细胞标签和分子标签的序列附接到所述靶寡核苷酸。