[发明专利]用于评价结肠直肠腺瘤的材料与方法

说明书

相关申请的交叉参考

本申请要求享有于2013年3月14日提交的美国临时专利申请号61/786,062的优先权，并且其在此通过引用以其整体并入。

技术领域

本公开内容涉及预后方法，其包括进程的风险、对用治疗剂的治疗的潜在响应性评价、复发的监控和癌症特别是结肠直肠腺癌治疗处理的功效评价，染色体异常（例如DNA拷贝数变化）的检测，从新鲜、新鲜冷冻或福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）的哺乳动物，例如人组织中分离上皮细胞的方法，和原位杂交，以及可用于此类方法中的探针组和试剂盒。

背景

尽管在从腺瘤到癌的进程期间出现的分子事件得到充分表征，结肠癌依然是全世界的死亡率主因（Meijer等人，J.Clin.Pathol.51:901-909（1998））。结肠直肠癌（CRC）是欧洲和美国的第三大最常见癌症和第二大癌症死亡主因，每年具有300,000个新病例和200,000例死亡（Midgley等人，Lancet353:391-399（1999））。结肠直肠上皮形成侵入性癌的致癌性转化通过肿瘤特异性遗传畸变和染色体非整倍性的序贯获得而驱动（Fearon等人，Cell61:759-767（1990）；Ried等人，GenesChromosomesCancer15:234-245（1996））。

腺体起源的良性肿瘤，即腺瘤可以随着时间过去变成恶性的，在这时它被称为腺癌。并非所有腺瘤均进程至腺癌。事实上，仅腺瘤的小子集进程至腺癌。

基因组的不稳定性是从腺瘤到腺癌进程的关键组分。在约15%的进程中，在DNA错配修复中存在缺陷，这导致微卫星不稳定性（指定为MSI或MIN）（diPietro等人，Gastroenterology129:1047-1059（2005））。在其他85%的进程中，在染色体水平上存在非整倍性（指定为CIN）。目前已充分确定DNA拷贝数变化以特异性模式出现，并且与不同的临床行为相关（Hermsen等人，Gastroenterology123:1109-1119（2002））。

涉及染色体4、5、7、8、13、15、17、18和20的染色体畸变已在CRC中频繁报道。从腺瘤到腺癌的进程据报道已与8p、13q和20q获得，以及8p、15q、17p和18q丧失相关（Hermsen等人（2002），同上）。在CRC中最频繁观察到的染色体畸变是20q的获得，其据报道出现在超过65%的CRC病例中（Meijer等人（1998），同上）。20q特别是20q12-q13的获得据报道已与CRC中的不良后果相关。

Sienna等人（于2009年12月22日颁发的美国专利号7,635,570B2）公开了通过对CRC样品的荧光原位杂交（FISH）和定量聚合酶链反应（PCR），确定表皮生长因子受体（EGFR）基因的拷贝数。该方法公开为可用于预测例如当存在EGFR基因拷贝数增加时，结合EGFR的剂是否会有效治疗CRC。该方法还公开为可用于评价CRC的治疗功效，其中在治疗后EGFR基因的拷贝数减少指示治疗是有效的。Sienna等人公开了本领域关于EGFR过表达是否可以与癌进程相关的冲突报道。

Perucho等人（于2006年8月15日颁发的美国专利号US7,090,978B2）公开了通过随机引物PCR（AP-PCR）检测突变，特别是插入和缺失，以鉴定肿瘤，例如结肠癌。Vogelstein等人（于1996年7月2日颁发的美国专利号5,532,108，于1997年12月30日颁发的美国专利号5,702,886，以及于1998年11月10日颁发的美国专利号5,834,190）公开了在患有TNM（由UnionInternationaleCentreCancer（UICC）开发的分期系统，其中T代表原发性肿瘤，N代表局部淋巴结涉及，和M代表转移）II期和III期结肠直肠癌的患者预后中的染色体18q丧失的确定。多态性遗传标记，例如在染色体18q上的，从标准福尔马林固定、石蜡包埋的肿瘤组织扩增。Vogelstein等人，特别地鉴定了DCC（结肠直肠癌中缺失的）基因。

Coignet等人（于2009年1月20日颁发的美国专利号US7,479,370B2）公开了在经分离的淋巴细胞中检测13q14中的缺失的方法。该缺失据报道与急性淋巴细胞白血病（ALL）和慢性淋巴细胞白血病（CLL）相关。

Gazdar等人（于1990年1月9日颁发的美国专利号4,892,829）公开了人浆细胞系。该细胞系具有重排的c-myc原癌基因（8q24）。