[发明专利]用于评价结肠直肠腺瘤的材料与方法

权利要求书

1.预测患者中的结肠直肠腺瘤的方法，所述方法包括：

在杂交条件下，使得自所述患者的结肠直肠腺瘤样品与可检测标记的探针接触，所述可检测标记的探针包含关于EGFR（表皮生长因子受体）的基因座特异性探针、关于DCC（结肠直肠癌中缺失的）的基因座特异性探针、CEP18（关于染色体18的染色体计数探针）、关于13q14（在染色体13的q臂上的条带14）的基因座特异性探针、和关于MYC（c-myc癌基因）的基因座特异性探针，和

确定染色体异常的存在或不存在，

其中无染色体异常指示结肠直肠腺瘤复发的低风险，和/或结肠直肠腺瘤进程至结肠直肠腺癌的低风险，

其中EGFR拷贝数增加指示结肠直肠腺瘤复发的风险增加，和/或结肠直肠腺瘤进程至结肠直肠腺癌的风险增加，

其中相对于CEP18的DCC拷贝数减少指示结肠直肠腺瘤复发的风险增加，和/或结肠直肠腺瘤进程至结肠直肠腺癌的风险增加，和

其中与相对于CEP18的DCC拷贝数减少、13q14拷贝数增加和MYC拷贝数增加进一步组合的EGFR拷贝数增加指示结肠直肠腺瘤复发的高风险，和/或结肠直肠腺瘤进程至结肠直肠腺癌的高风险，

由此预测患者中的结肠直肠腺瘤。

2.权利要求1的方法，其中所述结肠直肠腺瘤的样品是来自所述患者的新鲜的、在得自所述患者后冷冻的、或在得自所述患者后用福尔马林固定且在石蜡中包埋（FFPE）的。

3.权利要求2的方法，其中所述结肠直肠腺瘤的样品是从得自所述患者的结肠直肠腺瘤的样品中分离的上皮细胞样品。

4.权利要求3的方法，其中所述上皮细胞的样品通过包括以下的方法获得：

（a）在室温下，在Hank's缓冲液中冲洗新鲜样品或解冻的新鲜冷冻的结肠直肠腺瘤样品，

（b）在37℃下，将所述冲洗的样品在含有20mMDTT和5mMEDTA的预温Hank's缓冲液中浸泡约五分钟，

（c）将所述冲洗且浸泡的样品转移至含有20mMDTT（二硫苏糖醇）、5mMCaCl₂和10%DMSO（二甲亚砜）的Hank's缓冲液，并且混合约5秒至约10秒，

（d）通过以约1000xg离心约10分钟，使细胞形成团块，

（e）丢弃来自（d）的上清液，并且将所述形成团块的细胞重悬于残留上清液中，和

（f）将来自（e）的重悬的细胞置于溶液中，所述溶液含有约30重量%至约60重量%甲醇、约40重量%至约70重量%水、缓冲剂和防腐剂，并且将其在室温下静置过夜。

5.权利要求4的方法，其进一步包括：

（g）将来自（f）的细胞转移至细胞学载玻片，

（h）在室温下，将所述载玻片在95%乙醇中浸泡约15分钟，

（i）在室温下，将所述载玻片在卡诺伊溶液（3:1甲醇:乙酸固定剂）中浸泡30分钟，和

（j）使所述载玻片在室温下干燥。

6.权利要求1-4中任一项的方法，其中在与可检测标记探针组接触之前，使所述结肠直肠腺瘤的样品固定到细胞学载玻片上。

7.权利要求1-6中任一项的方法，其中通过使所述细胞与标记的抗CAM5.2抗体接触，确认所述结肠直肠腺瘤的样品中上皮细胞的存在。

8.权利要求1-7中任一项的方法，其中所述可检测标记的探针进一步包含关于STAT1（信号转导子和转录激活子1）的基因座特异性探针和/或关于AURKA（极光激酶A）的基因座特异性探针。

9.探针组，其包含关于EGFR的基因座特异性探针、关于DCC的基因座特异性探针、关于染色体18的染色体计数探针（CEP18）、关于13q14的基因座特异性探针、和关于MYC的基因座特异性探针。

10.权利要求9的探针组，其进一步包含关于STAT1的基因座特异性探针和/或关于AURKA的基因座特异性探针。