[发明专利]支架化肽文库以及其制备和筛选方法

说明书

(相关申请的交叉引用)

根据35U.S.C.§119(e)，本申请要求2013年3月14日提交的美国临时申请No.61/784,077和2013年3月25日提交的美国临时申请No.61/804,982的优先权，所述申请通过引用并入本文。

背景技术

基本上所有的生物过程依赖于蛋白质介导的分子识别。操纵这种蛋白质的相互作用的能力对于基础生物学研究以及治疗和诊断的开发均是有意义的。

可以例如通过操纵免疫系统或者经化学合成(从其可以选择与靶分子的结合特异性)制备多肽的文库。对于具有大量氨基酸的可能序列组合的多肽而言，可从其选择特异性的分子多样性是很大的。此外，蛋白质可以形成大的结合表面，其具有产生高度特异且高亲和的结合事件的与靶分子的多处接触。例如，抗体为对多种靶抗原产生高度特异和紧密结合的配体的一类蛋白。

由于感兴趣的靶分子的多样性，并且由于蛋白质的结合特性，肽文库以及筛选肽文库来鉴定具有有用功能的分子的方法是有意义的。

发明内容

提供了支架化肽文库以及针对与靶蛋白的特异性结合筛选所述支架化肽文库的方法。每个文库包含不同的肽化合物，所述肽化合物包含作为基础的支架结构域和不同的可变结构域。提供了多种文库，其中每种文库基于具有结构基序的肽支架。在一些实施方案中，所述肽支架是具有适于蛋白质-蛋白质相互作用的表面的小蛋白。提供了编码多种肽化合物的多核苷酸的文库。这些文库用于需要与靶分子(例如靶蛋白)特异性结合的多种应用。还提供了制备所述文库的方法以及针对与靶标的结合筛选所述文库的方法。

附图说明

图1-31示出了感兴趣的一些支架结构域(包括感兴趣的突变位置)的结构基序和序列。对于每个支架结构域，示出了两种可替换的结构视图，其中加深的结构区域表示基于所述支架的文库的一个实施方案的可变结构域，其对应于在下方序列中示出的突变位置。显示了多肽序列，其可被用于制备基于所述支架肽文库的一个实施方案，其中加深的、高亮的和灰色的残基表示可以被随机化的感兴趣的突变位置(例如，用噬菌体展示文库中的B1(HT)、WTK或NTT密码子)。

图1：SCF2,DGCR8(DiGeorge综合征关键区域8)二聚体化结构域(SEQIDNO:1)。

图2:SCF3,Get5C-末端结构域(SEQIDNO:2)。

图3:SCF4,H-NS结构域，来自E.coli(SEQIDNO:3)。

图4:SCF7,KorBc-末端二聚体化结构域(SEQIDNO:4)。

图5:SCF8,Lsr2二聚体化结构域(SEQIDNO:5)。头6个残基可以被截短。

图6:SCF15,Symfoil4P三聚体(命名为β-三叶肽)(SEQIDNO:10)。

图7:SCF23,EphA2SAM结构域(SEQIDNO:12)。

图8:SCF24-1,高尔基体蛋白245的GRIP结构域，亚文库1(SEQIDNO:13)。

图9:SCF24-2,高尔基体蛋白245的GRIP结构域，亚文库2(SEQIDNO:13)。

图10:SCF27,SpoOB-螺旋发夹结构域(SEQIDNO:14)。

图11:SCF28,Ku的C-末端结构域(SEQIDNO:15)。

图12:SCF29,Cue2蛋白的CUE结构域(SEQIDNO:16)。

图13:SCF32,蛋白G的GA结构域(SEQIDNO:18)。

图14:SCF37,PEM-1样蛋白(SEQIDNO:22)。

图15:SCF38,成束蛋白-2(Fasciculin-2)(SEQIDNO:23)。

图16:SCF40,核苷酸交换因子C-末端结构域(SEQIDNO:25)。

图17:SCF42,转录抗终止蛋白NusG(SEQIDNO:27)。

图18:SCF44,与ThiF复合的ThiS蛋白(SEQIDNO:29)。

图19:SCF47,CD2bp2的GYF结构域(SEQIDNO:32)。

图20:SCF53,RhodninKazal抑制子(SEQIDNO:38)。

图21:SCF55,抗-TRAP(SEQIDNO:40)。

图22:SCF56-1,TNF受体17(BCMA),亚文库1(SEQIDNO:41)。