[发明专利]一种与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的SNP411871标记及引物和应用

说明书

技术领域：

本发明属于水产动物遗传及分子标记辅助育种技术领域，具体涉及一种与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的SNP411871标记及引物和应用。

背景技术：

马氏珠母贝是我国及世界上海水珍珠养殖的主要物种。我国自1965年成功地开展了马氏珠母贝人工育苗以来，海水珍珠产业发展迅速，已成为广东、广西及海南部分沿海地区海水养殖支柱产业之一。近10多年，我国海水珍珠的质量和产量明显下降，国际竞争力减弱，养殖经济效益下滑。就其原因，除了养殖环境恶化、养殖技术落后外，还有一个重要原因是：多年来不注重种贝的选育和保留，缺乏优良品种；种苗质量参差不齐，育珠母贝性状退化，如生长慢、个体小型、育珠能力减弱等。为了我国海水珍珠养殖业的健康稳定发展，培育适合我国海区养殖的马氏珠母贝优良品种已迫在眉睫。

育种技术有杂交、选择育种，生物技术育种及分子育种等多种方法。分子育种是目前国内外研究的热点，是育种技术发展的主要方向，它具有高效、快捷的特点。分子育种离不开分子标记的开发，用在海洋贝类遗传育种研究的分子标记主要有限制片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、锚定简单重复序列(ISSR)、简单重复序列(SSR)、单核苷酸多态性(SNP)、表达序列标签(EST)、线粒体DNA(mtDNA)、核糖体DNA内转录间隔区标记(ITS)分子标记等。Qiu等对合浦珠母贝不同群体进行EST-SSR标记与生长及珍珠层性状的关联分析，结果表明在野生群体中基因PmartE05、PmartE35与壳高、总重显著相关，基因PmartE64与珍珠层厚度显著相关，在养殖群体中发现基因PmartE05与壳高显著的相关。Cong等利用SNP标记研究太平洋牡蛎的胰岛素相关多肽基因(oIRP)的多态性与生长性状的关联分析，发现在oIRP基因1.5kb处发现31个SNPs，其中6个与生长性状显著相关，特别是标记T1358G和标记G1437A与壳高、壳长、壳宽、总重、软体部重5个生长性状显著相关。

发明内容：

本发明的第一个目的是提供一种与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的SNP411871标记的检测引物。

本发明的与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的SNP411871标记的检测引物，其特征在于，其核苷酸序列如下：

411871FI:GGAAACGGAATTCACATTCATTATCTTTA；

411871RI:AATGTCAAGCTGGATATAATTTAGCTCTA；

411871FO:AAATTATTGAAACTATTTCACCGATTCG；

411871RO:TTGTGATTTCATTTTCGTATCAATATTCTT。

本发明的第二个目的是提供一种与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的SNP411871标记，其特征在于，其特异性检测引物为：

411871FI:GGAAACGGAATTCACATTCATTATCTTTA；

411871RI:AATGTCAAGCTGGATATAATTTAGCTCTA；

411871FO:AAATTATTGAAACTATTTCACCGATTCG；

411871RO:TTGTGATTTCATTTTCGTATCAATATTCTT。

本发明的第三个目的是提供与马氏珠母贝壳型与重量大小相关联的SNP411871标记在鉴定马氏珠母贝壳长、铰合线长、软体部重和闭壳肌重大小中的应用，其特征在于，包括以下步骤：

a、提取马氏珠母贝样品基因组DNA；

b、采用上述引物411871FI、411871RI、411871FO、411871RO对马氏珠母贝样品基因组DNA进行PCR扩增；

c、根据PCR扩增产物对马氏珠母贝样品进行鉴定，当出现具有200bp和171bp大小2条带的为AT型；当只出现200bp大小1条带的为AA型；当只出现171bp大小1条带的为TT型。AT型个体的壳长、绞合线长、软体部重和肌肉重显著大于TT型个体的样品；AA型个体软体部重显著大于TT型个体。