[发明专利]鉴定水稻CMS恢复基因Rf-1区段单倍型的分子标记及其应用

权利要求书

1.鉴定水稻CMS恢复基因Rf-1区段单倍型的分子标记，其特征在于，其为在Rf-1基因及其上下游物理距离200kb区段内的分子标记。

2.如权利要求1所述的分子标记，其特征在于，该分子标记是由以下引物扩增得到，所述引物的核苷酸序列为：

SEQ ID NO.1-2或SEQ ID NO.5-6或SEQ ID NO.9-10或

SEQ ID NO.13-14或SEQ ID NO.17-18或SEQ ID NO.21-22或

SEQ ID NO.25-26或SEQ ID NO.29-30或SEQ ID NO.33-34或

SEQ ID NO.37-38或SEQ ID NO.41-42或SEQ ID NO.45-46或

SEQ ID NO.49-50或SEQ ID NO.53-54或SEQ ID NO.57-58或

SEQ ID NO.61-62或SEQ ID NO.65-66或SEQ ID NO.69-70或

SEQ ID NO.73-74或SEQ ID NO.77-78或SEQ ID NO.81-82或

SEQ ID NO.85-86或SEQ ID NO.89-90或SEQ ID NO.93-94或

SEQ ID NO.97-98或SEQ ID NO.101-102或

SEQ ID NO.105-106或SEQ ID NO.109-110或

SEQ ID NO.113-114或SEQ ID NO.117-118或

SEQ ID NO.121-122或SEQ ID NO.125-126。

3.如权利要求1所述的分子标记，其特征在于，该分子标记是由32组引物经PCR扩增得到，32组引物序列分别为

SEQ ID NO.1-2和SEQ ID NO.5-6和SEQ ID NO.9-10和

SEQ ID NO.13-14和SEQ ID NO.17-18和SEQ ID NO.21-22和

SEQ ID NO.25-26和SEQ ID NO.29-30和SEQ ID NO.33-34和

SEQ ID NO.37-38和SEQ ID NO.41-42和SEQ ID NO.45-46和

SEQ ID NO.49-50和SEQ ID NO.53-54和SEQ ID NO.57-58和

SEQ ID NO.61-62和SEQ ID NO.65-66和SEQ ID NO.69-70和

SEQ ID NO.73-74和SEQ ID NO.77-78和SEQ ID NO.81-82和

SEQ ID NO.85-86和SEQ ID NO.89-90和SEQ ID NO.93-94和

SEQ ID NO.97-98和SEQ ID NO.101-102和

SEQ ID NO.105-106和SEQ ID NO.109-110和

SEQ ID NO.113-114和SEQ ID NO.117-118和

SEQ ID NO.121-122和SEQ ID NO.125-126所示。

4.用于鉴定水稻CMS恢复基因Rf-1区段单倍型的引物探针组合，其特征在于，由32组引物探针组合构成，每组引物探针组合由一对引物及两条TaqMan-MGB探针组成，其序列分别如SEQ ID NO.1-128所示。

5.一种用于水稻CMS恢复基因Rf-1区段单倍型鉴定的芯片，为OpenArray芯片，其特征在于，该芯片含有32组引物探针组合，每组引物探针组合由一对引物对及两条TaqMan-MGB探针组成，其序列分别如SEQ ID NO.1-128所示。

6.权利要求1至3任意一项所述的分子标记或权利要求4所述的引物探针组合或权利要求5所述的芯片在水稻种质资源鉴定中的应用。

7.权利要求1至3任意一项所述的分子标记或权利要求4所述的引物探针组合或权利要求5所述的芯片在培育三系杂交稻中的应用。