[发明专利]评估胎儿样本中母体细胞污染程度的方法

说明书

本发明公开了一种检测胎儿核酸样本中是否含有母体核酸的方法，包括：获得胎儿核酸样本和母体的核酸样本，所述胎儿核酸样本和所述母体的核酸样本各自包含DNA片段；分别检测所述胎儿核酸样本和所述母体的核酸样本中的DNA片段中的与以下21个参考SNP中的至少5个对应的位点的碱基类型：rs1057079、rs3890011、rs13007735、rs10172036、rs2516835、rs1656922、rs2686817、rs11167136、rs70156、rs2275111、rs2293277、rs2292681、rs3742302、rs4981088、rs11737、rs7169981、rs3115438、rs2302836、rs1455556、rs2235862和rs2296241；基于比较所述胎儿核酸样本和所述母体的核酸样本中的DNA片段中的对应于相同所述参考SNP的位点的碱基类型的差异，判断所述胎儿核酸样本中是否含有所述母体核酸。

技术领域

本发明涉及生物样品检测领域，具体地，本发明涉及评估胎儿样本中母体细胞污染程度的方法，更具体地，本发明涉及一种检测胎儿核酸样本中是否含有母体核酸的方法和一种试剂盒。

背景技术

目前产前诊断中，胎儿样本的获取方式主要是羊膜腔穿刺术和绒毛穿刺取样术，而由于母体细胞或者蜕膜的污染，这些有创取样方法可能会导致胎儿样本中存在母体细胞污染(maternal cell contamination,MCC)的可能性，是影响产前诊断结果准确性的主要因素之一。1983年，Benn and Hsu对美国全国范围内的羊水标本中母体细胞污染情况进行调查，发现0.3％的羊水标本存在母体细胞污染的情况[Benn PA,Hsu LY.1983.Maternalcell contamination of amnioticfluid cell cultures:results of a U.S.nationwidesurvey.Am J Med Genet 15(2):297–305.]。一个欧洲合作研究中心调研发现，0.34％经过培养的羊水样本存在母体细胞污染的情况[Bui TH,Iselius L,LindstenJ.1984.European collaborative study on prenatal diagnosis:mosaicism,pseudomosaicism and single abnormal cells in amniotic fluid cellcultures.Prenat Diagn 4Spec No:145–162.]。2005年，Stojilkovic-Mikic等利用定量荧光PCR(QF-PCR)技术对307例产前诊断样本(254例羊水样本)中母体细胞污染情况进行研究，在未经培养的羊水样本中，母体细胞污染发生率高达9.1％，经过培养的羊水样本中，母体细胞污染发生率高达2.8％[Stojilkovic-Mikic T,Mann K,Docherty Z.2005.Maternalcell contamination of prenatal samples assessed by QF-PCR genotyping.PrenatDiagn 2005；25:79–83.]。

产前诊断样品中母体细胞污染程度的评估对产前样本的诊断结果以及孕妇妊娠干预至关重要。目前，评估产前诊断样品中母体细胞污染程度的方法主要有PCR扩增技术、荧光定量PCR技术(Quantitative fluorescence–polymerase chain reaction，QF-PCR)、短串联重复序列(STR)分型技术、高效变性液相色谱技术、基因芯片分析技术等。PCR扩增技术是一种常见的、用于检测产前诊断样本中母体细胞污染的方法，Antoniadi等用PCR扩增技术对胎儿和母体样本DNA进行扩增检测，在135例胎儿样本中发现4例样本存在母体细胞污染的情况[Antoniadi T,Yapijakis C,Kamino petros P,Makatsoris C,VelissariouV,Vassilopoulos D,Petersen MB.2002.Prenat Diagn 2002；22:425–429.]。